[合集]帮忙看看我这样的想法
发信人: kingsyl (Healthy is first.), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]帮忙看看我这样的想法
发信站: 北大未名站 (2004年06月02日18:56:05 星期三), 站内信件
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作者 clastw (), 信区: Bioinformatics
标题 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日11:32:29 星期天) , 站内信件
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我是分子生物的研究生，每天实验枯燥不说，还接触很多毒性物质，想考博士去学习生物
信息这样，就可以不用做那些分子实验了，再说我对生物信息有些兴趣，怎样？
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日11:34:44 星期天), 转信
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挺好的, 有实验方面的背景做计算挺好的
【 在 clastw () 的大作中提到: 】
: 我是分子生物的研究生，每天实验枯燥不说，还接触很多毒性物质，想考博士去学习生物
: 信息这样，就可以不用做那些分子实验了，再说我对生物信息有些兴趣，怎样？
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作者 lylover (白愁飞(cinderella)), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日12:56:16 星期天), 转信
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显然是好事情，不过最好还是去做bioinfo的实验室。而且，如果不作实验，就坚决不要
作实验，要是以为一边作实验一边作计算是可能的，那...
【 在 clastw () 的大作中提到: 】
我是分子生物的研究生，每天实验枯燥不说，还接触很多毒性物质，想考博士去学习生物
信息这样，就可以不用做那些分子实验了，再说我对生物信息有些兴趣，怎样？
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作者 clastw (), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日14:39:37 星期天) , 站内信件
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很诚恳的问，为什么？
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 挺好的, 有实验方面的背景做计算挺好的
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日14:42:32 星期天), 转信
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学科交叉呀：）
【 在 clastw () 的大作中提到: 】
: 很诚恳的问，为什么？
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作者 lynnet (小林), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日16:06:44 星期天) , 站内信件
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为什么不要既做试验又做算法分析，两者能结合不是很好么？
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 学科交叉呀：）
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日16:15:34 星期天), 转信
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hehe，如果你是boss，这样当然很好啊
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: 为什么不要既做试验又做算法分析，两者能结合不是很好么？
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作者 clastw (), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日16:32:27 星期天) , 站内信件
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还不是很清楚
大家帮忙分析以下，这样做有什么利弊呢？因为我接触不是很多；
另外，我一直是学生物的，是否计算机方面欠缺，以后学习会不会存在较大困难？（本人
不是那种知难而进的人，如果困难太大，我会受不了的）
还有，国内比较好的有关生物信息的有哪些地方好去，诚恳希望在行的人给我指导，成为
我的老师兼朋友
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: hehe，如果你是boss，这样当然很好啊
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作者 lynnet (小林), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日16:38:48 星期天) , 站内信件
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国内比较好的应该有北大的生物信息中心/中科院计算所等等
呵呵，我想应该还有一个很重要的问题。
作生物信息的人毕业以后一般都去哪，是不是都出国去了？
国内的公司要生物信息研究的人多么？好像看了半天，也都是学校在要人，而且要的人并
不多。纯生物信息的杂志也很少，搞科研会不会很困难啊？
如果出国，又一般什么样的地方？
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日16:49:28 星期天), 转信
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对于生物背景的来说，进入这个领域最大的难度在于数学以及算法编程方面的欠缺，
考虑到查不多4年没有接触过这方面的知识了（硕士），补课会非常的辛苦，而且难度感
觉比学数学和计算机的补生物知识还要大，很多学生物的甚至连linux都不会用。。。
所以你考虑清楚了，难度肯定是有的，当然也要看你的知识背景和决心：）
姑妄言之
【 在 clastw () 的大作中提到: 】
: 还不是很清楚
: 大家帮忙分析以下，这样做有什么利弊呢？因为我接触不是很多；
: 另外，我一直是学生物的，是否计算机方面欠缺，以后学习会不会存在较大困难？（本人
: 不是那种知难而进的人，如果困难太大，我会受不了的）
: 还有，国内比较好的有关生物信息的有哪些地方好去，诚恳希望在行的人给我指导，成为
: 我的老师兼朋友
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作者 clastw (), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日16:50:45 星期天) , 站内信件
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好象是这样的，现在发展较慢
哎。。。逃不脱的命运啊
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: 国内比较好的应该有北大的生物信息中心/中科院计算所等等
: 呵呵，我想应该还有一个很重要的问题。
: 作生物信息的人毕业以后一般都去哪，是不是都出国去了？
: 国内的公司要生物信息研究的人多么？好像看了半天，也都是学校在要人，而且要的人并
: 不多。纯生物信息的杂志也很少，搞科研会不会很困难啊？
: 如果出国，又一般什么样的地方？
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作者 clastw (), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日16:54:32 星期天) , 站内信件
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看来是困难重重啊，困难多还发展机会少；那是说，没多大意思了？
我倒是很相信自己的学习能力，不过我的确还不会LINUX
矛盾。。。
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 对于生物背景的来说，进入这个领域最大的难度在于数学以及算法编程方面的欠缺，
: 考虑到查不多4年没有接触过这方面的知识了（硕士），补课会非常的辛苦，而且难度感
: 觉比学数学和计算机的补生物知识还要大，很多学生物的甚至连linux都不会用。。。
: 所以你考虑清楚了，难度肯定是有的，当然也要看你的知识背景和决心：）
: 姑妄言之
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作者 lynnet (小林), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日17:16:40 星期天) , 站内信件
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Linux学起来很快的。只要你别把强求他也拥有windows的易用性和功能的多面性。
不过感觉就Linux现在这个样子，使用的方便性实在是不敢恭维，想到微软公司前阵子还
在抱怨说自己的系统使用还不够方便，Linux是没法和windows竞争客户的。真不知道国家
投在Linux上的钱都去那儿了。
【 在 clastw () 的大作中提到: 】
: 看来是困难重重啊，困难多还发展机会少；那是说，没多大意思了？
: 我倒是很相信自己的学习能力，不过我的确还不会LINUX
: 矛盾。。。
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日17:18:46 星期天), 转信
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呵呵，你用linux一定不多，否则不会这么说的
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: Linux学起来很快的。只要你别把强求他也拥有windows的易用性和功能的多面性。
: 不过感觉就Linux现在这个样子，使用的方便性实在是不敢恭维，想到微软公司前阵子还
: 在抱怨说自己的系统使用还不够方便，Linux是没法和windows竞争客户的。真不知道国家
: 投在Linux上的钱都去那儿了。
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作者 sunzx ([MECH01]zx|Ici je me tiens), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日17:22:47 星期天), 转信
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哈哈...
"Unix IS user friendly... It's just selective about who its friends are."
— Tollef Fog Heen
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: Linux学起来很快的。只要你别把强求他也拥有windows的易用性和功能的多面性。
: 不过感觉就Linux现在这个样子，使用的方便性实在是不敢恭维，想到微软公司前阵子还
: 在抱怨说自己的系统使用还不够方便，Linux是没法和windows竞争客户的。真不知道国家
: 投在Linux上的钱都去那儿了。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日18:39:01 星期天), 转信
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方便性方面我觉得是这样的, linux下面的东东是用得越多才能体会到他的方便性,
windows的东东是使得你第一眼看上去觉得比较方便. 不过对于大部分人来说计算机
都只是简单用用能满足要求就成, 所以从这个角度说linux的确易用性不好
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: Linux学起来很快的。只要你别把强求他也拥有windows的易用性和功能的多面性。
: 不过感觉就Linux现在这个样子，使用的方便性实在是不敢恭维，想到微软公司前阵子还
: 在抱怨说自己的系统使用还不够方便，Linux是没法和windows竞争客户的。真不知道国家
: 投在Linux上的钱都去那儿了。
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作者 lynnet (小林), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日18:56:57 星期天) , 站内信件
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我承认我用得不多，我学电脑一直都是用微软的系统，从dos到windows，为了做好单位的
网管，学了MCSE和MCDBA，一直担心有那么一天会收到微软的律师函，那可就得花一大笔
钱了。担心之余就期待逐步转向Linux，可现在的情况是我无法说服我的同事们转向Linu
x。我知道Linux很便宜，据说安全性也好，但这要从很多方面去分析。
Linux要取代windows，一定是要争夺windows用户群，那你就必须满足windows用户的习惯
，要不，就只有孤芳自赏了。可是Linux能做到windows那样的友好界面么。我举几个简单
的例子：
挂接usb盘，windows是会自动把u盘中的内容弹出来；Linux呢，你不能指望一个纯粹把电
脑当作工具的人每次都去敲打你的命令，也许有快捷的方法，但是我没办法在网络上搜索
到合适的脚本等等。
挂接原先windows的分区，能能不能做到自动挂接，而不是要我们去设置参数，要知道，
用惯了windows的人，是不愿意在没有GUI的界面和即时提示的状态下去设置的。
文本编辑，你们习惯上用什么，有什么好用的推荐一下？
参考文献的管理软件，比如EndNote，有没有Linux版的推荐一把？
什么时候驱动程序的安装能够做到更容易一些，我这个电脑是km400，费了好大劲才装上
显卡驱动，最好是不要用命令行的。
软件的安装能否提供一个类似windows的添加/删除程序功能，把所有软件的安装和卸载集
中管理，我觉得现在的rpm做得还不够友好。
redhat的当家人也认为Linux不适合普通用户，我觉得有道理。只希望中国投在Linux上的
钱能真正开花结果。我觉得中国有这么多人玩Linux，上面说的这些问题应该很容易解决
的。应该有人出面组织各种各样替代windows下常用软件的rpm包，集中在一起提供下载，
用惯了windows的人，比如像我的同事，在计算机应用方面都是傻瓜型的，希望他们自己
就能解决大部分的问题。
罗罗嗦嗦说了一大堆，很凌乱，敬请谅解。
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 呵呵，你用linux一定不多，否则不会这么说的
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作者 lynnet (小林), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日19:02:00 星期天) , 站内信件
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此外还有一个看法，这个世界上用Linux的人也很多，大家都在开发修补这个系统，这么
多人的力量加起来应该不会比微软公司弱吧。如果有个良好的组织，对大家的工作进行合
理的分工，减少重复的劳动（我觉得这个应该会比微软的更容易，因为源代码是公开的）
，肯定能做出比windows更好的东西。对大多数人来说，需要的软件不会很多的，关键是
要有人来系统化地提供，比如提供应用软件的集成化，为普通用户提供一揽子方案，让用
户专注于如何应用这个系统完成自己的工作，而不是成天想着如何优化，如何安装。现在
有哪些组织在作这样的工作，我们应该支持这样的机构进行集成，而不是各自为战。你们
觉得呢？
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: windows的东东是使得你第一眼看上去觉得比较方便. 不过对于大部分人来说计算机
: 都只是简单用用能满足要求就成, 所以从这个角度说linux的确易用性不好
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日19:10:01 星期天), 转信
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hehe, 还是我刚才说的, 开发linux的一方面多是资深的用户, 对于方便性不够的感受并
不明显, 而且相反举个例子来说, 如果你用了很久的vim或者emacs, 转过来让你去用
windows下面的编辑器会觉得非常非常不方便; 另一方面, 很多的linux开发者开发的目的
是为了自己用, 不像商业软件公司那样是为了卖钱.
再随便说说, 其实我觉得linux比起windows更容易是用户关注自己的应用工作, 至于你说
的很多人整天想着安装软件, 美化界面, 折腾中文等等纯粹是一种求全的心理, 东东我用
不用没关系, 但是没有就是不爽.
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: 此外还有一个看法，这个世界上用Linux的人也很多，大家都在开发修补这个系统，这么
: 多人的力量加起来应该不会比微软公司弱吧。如果有个良好的组织，对大家的工作进行合
: 理的分工，减少重复的劳动（我觉得这个应该会比微软的更容易，因为源代码是公开的）
: ，肯定能做出比windows更好的东西。对大多数人来说，需要的软件不会很多的，关键是
: 要有人来系统化地提供，比如提供应用软件的集成化，为普通用户提供一揽子方案，让用
: 户专注于如何应用这个系统完成自己的工作，而不是成天想着如何优化，如何安装。现在
: 有哪些组织在作这样的工作，我们应该支持这样的机构进行集成，而不是各自为战。你们
: 觉得呢？
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日19:20:09 星期天), 转信
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自动挂载usb也不是不可以做的, 自己研究一下autofs/automount就是了
编辑器当然是vim或者emacs
文献管理我还真不知道
硬件支持方面, 基本主流的都没问题, 常见的麻烦点的也就是迅驰的无线网卡和SIS的图
形芯片.
软件安装, 你说的哪个东东显然是有的. 然后还是直接命令行方便快捷, hehe
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: 我承认我用得不多，我学电脑一直都是用微软的系统，从dos到windows，为了做好单位的
: 网管，学了MCSE和MCDBA，一直担心有那么一天会收到微软的律师函，那可就得花一大笔
: 钱了。担心之余就期待逐步转向Linux，可现在的情况是我无法说服我的同事们转向Linu
: x。我知道Linux很便宜，据说安全性也好，但这要从很多方面去分析。
: Linux要取代windows，一定是要争夺windows用户群，那你就必须满足windows用户的习惯
: ，要不，就只有孤芳自赏了。可是Linux能做到windows那样的友好界面么。我举几个简单
: 的例子：
: 挂接usb盘，windows是会自动把u盘中的内容弹出来；Linux呢，你不能指望一个纯粹把电
: 脑当作工具的人每次都去敲打你的命令，也许有快捷的方法，但是我没办法在网络上搜索
: 到合适的脚本等等。
: ...........................
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作者 chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日20:33:49 星期天), 转信
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....
嗯 最好是不用自己作实验
但是又有人给你未发表的第一手实验数据
【 在 lylover (白愁飞(cinderella)) 的大作中提到: 】
: 显然是好事情，不过最好还是去做bioinfo的实验室。而且，如果不作实验，就坚决不要
: 作实验，要是以为一边作实验一边作计算是可能的，那...
: 我是分子生物的研究生，每天实验枯燥不说，还接触很多毒性物质，想考博士去学习生物
: 信息这样，就可以不用做那些分子实验了，再说我对生物信息有些兴趣，怎样？
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作者 chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日20:41:47 星期天), 转信
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【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: 标 题: Re: 帮忙看看我这样的想法
: 发信站: 北大未名站 (2004年05月09日18:56:57 星期天) , 站内信件
:
:
: 我承认我用得不多，我学电脑一直都是用微软的系统，从dos到windows，为了做好单位的
: 网管，学了MCSE和MCDBA，一直担心有那么一天会收到微软的律师函，那可就得花一大笔
: 钱了。担心之余就期待逐步转向Linux，可现在的情况是我无法说服我的同事们转向Linu
: x。我知道Linux很便宜，据说安全性也好，但这要从很多方面去分析。
:
: Linux要取代windows，一定是要争夺windows用户群，那你就必须满足windows用户的习惯
: ，要不，就只有孤芳自赏了。可是Linux能做到windows那样的友好界面么。我举几个简单
: 的例子：
:
: 挂接usb盘，windows是会自动把u盘中的内容弹出来；Linux呢，你不能指望一个纯粹把电
: 脑当作工具的人每次都去敲打你的命令，也许有快捷的方法，但是我没办法在网络上搜索
我不觉得敲命令比点鼠标麻烦
mount cp umount 挺快 比" 双击 双击 移动鼠标 右键 拷贝 回到＊＊目录，粘贴
右键，禁用 拔出 " 强多了
: 到合适的脚本等等。
:
: 挂接原先windows的分区，能能不能做到自动挂接，而不是要我们去设置参数，要知道，
: 用惯了windows的人，是不愿意在没有GUI的界面和即时提示的状态下去设置的。
可以阿 据说Mandrake可以 自动搜fat分区自动mount
:
: 文本编辑，你们习惯上用什么，有什么好用的推荐一下？
vim gvim emacs
: 参考文献的管理软件，比如EndNote，有没有Linux版的推荐一把？
这个似乎没有endnote这么好上手的
:
: 什么时候驱动程序的安装能够做到更容易一些，我这个电脑是km400，费了好大劲才装上
: 显卡驱动，最好是不要用命令行的。
出了说明你是新手外 不能再说明别的了
n多mm还不装windows的显卡驱动呢
:
: 软件的安装能否提供一个类似windows的添加/删除程序功能，把所有软件的安装和卸载集
: 中管理，我觉得现在的rpm做得还不够友好
..... rpm已经比添加删除程序强大了 dpkg就更不用说了
只是你不会用而已拉
:
: redhat的当家人也认为Linux不适合普通用户，我觉得有道理。只希望中国投在Linux上的
: 钱能真正开花结果。我觉得中国有这么多人玩Linux，上面说的这些问题应该很容易解决
: 的。应该有人出面组织各种各样替代windows下常用软件的rpm包，集中在一起提供下载，
有n多这样的网页 上面列出window／linux软件对应关系表
你自己懒 不去找 那就没法子了
: 用惯了windows的人，比如像我的同事，在计算机应用方面都是傻瓜型的，希望他们自己
: 就能解决大部分的问题。
:
: 罗罗嗦嗦说了一大堆，很凌乱，敬请谅解。
:
:
: 【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: : 呵呵，你用linux一定不多，否则不会这么说的
:
:
: --
:
: 走过来，走过去，没有人理我，孤独地落荒而逃 sigh
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作者 chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日20:46:06 星期天), 转信
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既然你觉得连redhat都还不够"友好"的话
推荐你先用mandrake吧 mandrake还不行 就magiclinux，一帮国人折腾的 汉化什么的应
该不需要你自己搞了
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: 此外还有一个看法，这个世界上用Linux的人也很多，大家都在开发修补这个系统，这么
: 多人的力量加起来应该不会比微软公司弱吧。如果有个良好的组织，对大家的工作进行合
: 理的分工，减少重复的劳动（我觉得这个应该会比微软的更容易，因为源代码是公开的）
: ，肯定能做出比windows更好的东西。对大多数人来说，需要的软件不会很多的，关键是
: 要有人来系统化地提供，比如提供应用软件的集成化，为普通用户提供一揽子方案，让用
: 户专注于如何应用这个系统完成自己的工作，而不是成天想着如何优化，如何安装。现在
: 有哪些组织在作这样的工作，我们应该支持这样的机构进行集成，而不是各自为战。你们
: 觉得呢？
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作者 lylover (白愁飞(cinderella)), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日20:59:39 星期天), 转信
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没事没事，linux几个月就可以上手(好像我学东西总是很慢)。好歹你还有个生物背景，
我连cell这样的课都没怎么听过...也照样做，
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 对于生物背景的来说，进入这个领域最大的难度在于数学以及算法编程方面的欠缺，
: 考虑到查不多4年没有接触过这方面的知识了（硕士），补课会非常的辛苦，而且难度感
: 觉比学数学和计算机的补生物知识还要大，很多学生物的甚至连linux都不会用。。。
: 所以你考虑清楚了，难度肯定是有的，当然也要看你的知识背景和决心：）
: 姑妄言之
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作者 lylover (白愁飞(cinderella)), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日21:06:10 星期天), 转信
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错！我就算再落魄也不会这么无聊。注意，我说的是收集数据，没有指明是未发表的第一
手实验数据。
我很抱歉，如果使用未发表的数据作了计算发文章，我本人还是倾向于认为这是一篇实验
学的文章，bioinfo仅仅是陪衬一下。这样的东西，随手做做也就拉倒了，要是指望这个
，呵呵，和作实验的同事争第一作者的准备要提前做好。
很多的bioinfo paper，也没听说用未发表的实验数据，照样很不错。
【 在 chevalier (游侠◎为THU哭泣) 的大作中提到: 】
....
嗯 最好是不用自己作实验
但是又有人给你未发表的第一手实验数据
【 在 lylover (白愁飞(cinderella)) 的大作中提到: 】
: 显然是好事情，不过最好还是去做bioinfo的实验室。而且，如果不作实验，就坚决不要
: 作实验，要是以为一边作实验一边作计算是可能的，那...
: 我是分子生物的研究生，每天实验枯燥不说，还接触很多毒性物质，想考博士去学习生物
: 信息这样，就可以不用做那些分子实验了，再说我对生物信息有些兴趣，怎样？
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日21:36:52 星期天) , 站内信件
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unix-like system is not designed for everyone
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: Linux学起来很快的。只要你别把强求他也拥有windows的易用性和功能的多面性。
: 不过感觉就Linux现在这个样子，使用的方便性实在是不敢恭维，想到微软公司前阵子还
: 在抱怨说自己的系统使用还不够方便，Linux是没法和windows竞争客户的。真不知道国家
: 投在Linux上的钱都去那儿了。
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日21:42:26 星期天) , 站内信件
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try to learn some statistics and one easy language from now ......
【 在 clastw () 的大作中提到: 】
: 我是分子生物的研究生，每天实验枯燥不说，还接触很多毒性物质，想考博士去学习生物
: 信息这样，就可以不用做那些分子实验了，再说我对生物信息有些兴趣，怎样？
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作者 kingsyl (Healthy is first.), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日23:04:44 星期天), 站内信件
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文献管理？
我看见有人用perl脚本+NCBI pubmed ==>latex就可以搞定。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 自动挂载usb也不是不可以做的, 自己研究一下autofs/automount就是了
: 编辑器当然是vim或者emacs
: 文献管理我还真不知道
: 硬件支持方面, 基本主流的都没问题, 常见的麻烦点的也就是迅驰的无线网卡和SIS的图
: 形芯片.
: 软件安装, 你说的哪个东东显然是有的. 然后还是直接命令行方便快捷, hehe
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月09日23:46:38 星期天), 转信
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funny, people select friends, except those .... heihei, u know:)
【 在 sunzx ([MECH01]zx|Ici je me tiens) 的大作中提到: 】
: 哈哈...
: "Unix IS user friendly... It's just selective about who its friends are."
: — Tollef Fog Heen
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作者 kokolu (时间的灰), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月10日00:11:51 星期一), 转信
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首先，偶从来不认为linux可以在common user的桌面应用上战胜windows
——至少在未来的二年内是这样
linux的优点是支持中高端的服务器
它目前的主要对手是solaris/freebsd，而不是windows
不过，你举的几个例子实在是……
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: 标 题: Re: 帮忙看看我这样的想法
: 发信站: 北大未名站 (2004年05月09日18:56:57 星期天) , 站内信件
:
:
: 我承认我用得不多，我学电脑一直都是用微软的系统，从dos到windows，为了做好单位的
: 网管，学了MCSE和MCDBA，一直担心有那么一天会收到微软的律师函，那可就得花一大笔
: 钱了。担心之余就期待逐步转向Linux，可现在的情况是我无法说服我的同事们转向Linu
: x。我知道Linux很便宜，据说安全性也好，但这要从很多方面去分析。
: Linux要取代windows，一定是要争夺windows用户群，那你就必须满足windows用户的习惯
: ，要不，就只有孤芳自赏了。可是Linux能做到windows那样的友好界面么。我举几个简单
: 的例子：
:
: 挂接usb盘，windows是会自动把u盘中的内容弹出来；Linux呢，你不能指望一个纯粹把电
: 脑当作工具的人每次都去敲打你的命令，也许有快捷的方法，但是我没办法在网络上搜索
: 到合适的脚本等等。
fstab + automount
2.4以上的kernel都可以轻松支持
而且，如果你用RH9（n长时间不用了，不是很sure）以后的桌面的话，应该可以
直接双击桌面图标
:
: 挂接原先windows的分区，能能不能做到自动挂接，而不是要我们去设置参数，要知道，
: 用惯了windows的人，是不愿意在没有GUI的界面和即时提示的状态下去设置的。
见上……
:
: 文本编辑，你们习惯上用什么，有什么好用的推荐一下？
最好的当然是emacs（vi的扇子不要砍人……:Q）
: 参考文献的管理软件，比如EndNote，有没有Linux版的推荐一把？
bibtex (http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/latex.html)
:
: 什么时候驱动程序的安装能够做到更容易一些，我这个电脑是km400，费了好大劲才装上
: 显卡驱动，最好是不要用命令行的。
这个这个……好象直接敲一个make install不比按鼠标困难吧？
:
: 软件的安装能否提供一个类似windows的添加/删除程序功能，把所有软件的安装和卸载集
: 中管理，我觉得现在的rpm做得还不够友好。
rpm不方便？那也别拿windows的add/remove这个垃圾功能说事吧……
想要图形界面？GnoRPM/KPackage/Nautilus RPM
想要下载方便？apt-rpm
想要更高级的自动管理？gentoo's emerge
:
: redhat的当家人也认为Linux不适合普通用户，我觉得有道理。只希望中国投在Linux上的
: 钱能真正开花结果。我觉得中国有这么多人玩Linux，上面说的这些问题应该很容易解决
: 的。应该有人出面组织各种各样替代windows下常用软件的rpm包，集中在一起提供下载，
: 用惯了windows的人，比如像我的同事，在计算机应用方面都是傻瓜型的，希望他们自己
: 就能解决大部分的问题。
RH中已经包括了绝大部分桌面用户常用的包
debian提供了n多预编译好了的软件包
gentoo可以让你自己在本地编译需要的包
:
: 罗罗嗦嗦说了一大堆，很凌乱，敬请谅解。
最后，推荐二个网站：
情话王垠的：
http://learn.tsinghua.edu.cn/homepage/2001315450/
The table of equivalents / replacements / analogs of Windows software in
Linux
http://linuxshop.ru/linuxbegin/win-lin-soft-en/index.shtml
:
:
: 【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: : 呵呵，你用linux一定不多，否则不会这么说的
:
:
: --
:
: 走过来，走过去，没有人理我，孤独地落荒而逃 sigh
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月10日00:26:15 星期一), 转信
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唉，本来是在谈论学习bioinfor过程中使用linux的问题，结果不知道怎么就转到win和
linux之争这个月经坑里面了，然后就好多人跟着跳了。。。
【 在 kokolu (时间的灰) 的大作中提到: 】
: 首先，偶从来不认为linux可以在common user的桌面应用上战胜windows
: ——至少在未来的二年内是这样
: linux的优点是支持中高端的服务器
: 它目前的主要对手是solaris/freebsd，而不是windows
: 不过，你举的几个例子实在是……
: fstab + automount
: 2.4以上的kernel都可以轻松支持
: 而且，如果你用RH9（n长时间不用了，不是很sure）以后的桌面的话，应该可以
: 直接双击桌面图标
: 见上……
: ...........................
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作者 cdragon (eaGle), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月10日09:12:06 星期一), 转信
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呵呵,这里面有一个"使用习惯"的问题
Win3.0 刚出来的时候, 也是倒彩声不断的
主要是你要经常用用 linux
【 在 lynnet (小林) 的大作中提到: 】
: Linux学起来很快的。只要你别把强求他也拥有windows的易用性和功能的多面性。
: 不过感觉就Linux现在这个样子，使用的方便性实在是不敢恭维，想到微软公司前阵子还
: 在抱怨说自己的系统使用还不够方便，Linux是没法和windows竞争客户的。真不知道国家
: 投在Linux上的钱都去那儿了。
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作者 cdragon (eaGle), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月10日09:16:23 星期一), 转信
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或者就用 Winlinux
呵呵
【 在 chevalier (游侠◎为THU哭泣) 的大作中提到: 】
: 既然你觉得连redhat都还不够"友好"的话
: 推荐你先用mandrake吧 mandrake还不行 就magiclinux，一帮国人折腾的 汉化什么的应
: 该不需要你自己搞了
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作者 cdragon (eaGle), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月10日09:18:17 星期一), 转信
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还有一堆根本没有生物试验数据的呢
(当然, 不包括 序列 啦)
【 在 lylover (白愁飞(cinderella)) 的大作中提到: 】
: 错！我就算再落魄也不会这么无聊。注意，我说的是收集数据，没有指明是未发表的第一
: 手实验数据。
: 我很抱歉，如果使用未发表的数据作了计算发文章，我本人还是倾向于认为这是一篇实验
: 学的文章，bioinfo仅仅是陪衬一下。这样的东西，随手做做也就拉倒了，要是指望这个
: ，呵呵，和作实验的同事争第一作者的准备要提前做好。
: 很多的bioinfo paper，也没听说用未发表的实验数据，照样很不错。
: ....
: 嗯 最好是不用自己作实验
: 但是又有人给你未发表的第一手实验数据
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作者 cdragon (eaGle), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月10日09:19:21 星期一), 转信
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用 Perl 处理成 LaTeX 的文献库就可以了
【 在 kingsyl (Healthy is first.) 的大作中提到: 】
: 文献管理？
: 我看见有人用perl脚本+NCBI pubmed ==>latex就可以搞定。
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作者 cdragon (eaGle), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月10日09:20:05 星期一), 转信
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同跳, 同跳
呵呵
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 唉，本来是在谈论学习bioinfor过程中使用linux的问题，结果不知道怎么就转到win和
: linux之争这个月经坑里面了，然后就好多人跟着跳了。。。
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月10日15:08:32 星期一), 转信
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比如？
【 在 cdragon (eaGle) 的大作中提到: 】
: 还有一堆根本没有生物试验数据的呢
: (当然, 不包括 序列 啦)
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作者 kokolu (时间的灰), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月10日17:13:50 星期一), 转信
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上面不是我re的
是别人用我id惹的
我才不会跳这样的坑，呵呵
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 唉，本来是在谈论学习bioinfor过程中使用linux的问题，结果不知道怎么就转到win和
: linux之争这个月经坑里面了，然后就好多人跟着跳了。。。
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作者 cdragon (eaGle), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月11日09:03:52 星期二), 转信
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你可以去看看一些偏计算机算法的生物信息学会议
如，IEEE CSB
很多都是只有算法的，并不依赖于生物实验。
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 比如？
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作者 hitma (黄疯), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月11日10:07:49 星期二), 转信
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: 有n多这样的网页 上面列出window／linux软件对应关系表
: 你自己懒 不去找 那就没法子了
http://www.linuxeden.com/edu/doctext.php?docid=3034
^_^
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月11日11:13:37 星期二), 转信
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faint，我当然知道有专门做算法，这个版也有一堆人是不做实验的
我是问你所谓的没有生物实验数据的数据是什么（不包括序列）
【 在 cdragon (eaGle) 的大作中提到: 】
: 你可以去看看一些偏计算机算法的生物信息学会议
: 如，IEEE CSB
: 很多都是只有算法的，并不依赖于生物实验。
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作者 lylover (白愁飞(cinderella)), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月11日11:29:19 星期二), 转信
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切，这种常识性问题人家“不屑”回答你的，还是我给你启蒙一下。
比如，做进化计算，Nei的那篇PNAS，近期的看过么？你到哪里去找实验的数据？序列算
不算？
计算出来的ppi网络，没有完全被实验验证吧？(都验证了，大家就不用去做计算了)
“生物实验数据”，这个概念本身就比较含糊，计算的算不算？我们做计算，呵呵，不也
是实验？
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
faint，我当然知道有专门做算法，这个版也有一堆人是不做实验的
我是问你所谓的没有生物实验数据的数据是什么（不包括序列）
【 在 cdragon (eaGle) 的大作中提到: 】
: 你可以去看看一些偏计算机算法的生物信息学会议
: 如，IEEE CSB
: 很多都是只有算法的，并不依赖于生物实验。
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月11日11:32:49 星期二), 转信
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你个垃圾，说来说去还是就只有序列，我是想听听还有没有别的
【 在 lylover (白愁飞(cinderella)) 的大作中提到: 】
: 切，这种常识性问题人家“不屑”回答你的，还是我给你启蒙一下。
: 比如，做进化计算，Nei的那篇PNAS，近期的看过么？你到哪里去找实验的数据？序列算
: 不算？
: 计算出来的ppi网络，没有完全被实验验证吧？(都验证了，大家就不用去做计算了)
: “生物实验数据”，这个概念本身就比较含糊，计算的算不算？我们做计算，呵呵，不也
: 是实验？
: faint，我当然知道有专门做算法，这个版也有一堆人是不做实验的
: 我是问你所谓的没有生物实验数据的数据是什么（不包括序列）
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作者 microRNAs (Great MicroRNAs Database), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月11日11:51:28 星期二), 转信
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别的要自己做！呵呵
或者就是microarray的数据
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 你个垃圾，说来说去还是就只有序列，我是想听听还有没有别的
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作者 lylover (白愁飞(cinderella)), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月11日11:59:58 星期二), 转信
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呵呵，也有很多数据不需要自己做的...当然，也没有条件做，比如ppi
【 在 microRNAs (Great MicroRNAs Database) 的大作中提到: 】
别的要自己做！呵呵
或者就是microarray的数据
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 你个垃圾，说来说去还是就只有序列，我是想听听还有没有别的
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作者 cdragon (eaGle), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月11日17:58:25 星期二), 转信
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ppi pathway
or
some ortholog list (such as InParanoid)
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 你个垃圾，说来说去还是就只有序列，我是想听听还有没有别的
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作者 Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月11日18:13:22 星期二), 转信
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这些都不算实验数据？
【 在 cdragon (eaGle) 的大作中提到: 】
: ppi pathway
: or
: some ortholog list (such as InParanoid)
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作者 lylover (白愁飞(cinderella)), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月11日18:31:28 星期二), 转信
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你丫的有问题跑我这里问啊！小声点....
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
这些都不算实验数据？
【 在 cdragon (eaGle) 的大作中提到: 】
: ppi pathway
: or
: some ortholog list (such as InParanoid)
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作者 cdragon (eaGle), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月12日08:24:31 星期三), 转信
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部分 pathway 是预测的，没有经过试验验证的
那个 ortholog 就是裸算出来的
呵呵
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 这些都不算实验数据？
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作者 lylover (白愁飞(cinderella)), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 帮忙看看我这样的想法
时间 北大未名站 (2004年05月12日10:36:09 星期三), 转信
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ortholog不裸算怎么办？....
我知道有实验验证，不过不多就是了。好在大家对这个的计算还是认同的。
【 在 cdragon (eaGle) 的大作中提到: 】
部分 pathway 是预测的，没有经过试验验证的
那个 ortholog 就是裸算出来的
呵呵
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 这些都不算实验数据？
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2004/9/23 2:05:00
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[合集]帮忙看看我这样的想法(44964字) － admin，2004年9月23日
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