[合集]amber测试过程中有好几个程序failu

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]amber测试过程中有好几个程序failur
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:43:06 星期天), 站内信件

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作者  tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics                                
标题  amber测试过程中有好几个程序failure                                     
时间  北大未名站 (2003年10月05日13:27:05 星期天), 转信                       
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机器是intel P4, redhat 9,  amber6,g77 compiler
install一切正常
运行amber提供的测试过程中有好几个possible failure，排除掉输出格式问题的
还是有不少 *.dif
manual里面说这与机器及操作系统有关
请问这类failure对将来的计算影响大么？主要是做protein-protein的
有什么解决办法？
thx

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: amber测试过程中有好几个程序failure                                 
时间  北大未名站 (2003年10月05日13:32:28 星期天), 转信                       
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什么样的failure, 无法计算还是计算结果不对. 另外干嘛用amber呢, amber的后继开发
情况好像不容乐观呀.
【 在 tonydudu (xanadu) 的大作中提到: 】
: 机器是intel P4, redhat 9,  amber6,g77 compiler
: install一切正常
: 运行amber提供的测试过程中有好几个possible failure，排除掉输出格式问题的
: 还是有不少 *.dif
: manual里面说这与机器及操作系统有关
: 请问这类failure对将来的计算影响大么？主要是做protein-protein的
: 有什么解决办法？
: thx

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作者  tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: amber测试过程中有好几个程序failure                                 
时间  北大未名站 (2003年10月05日13:37:19 星期天), 转信                       
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是用amber本身提供的测试程序，大概是将在本机compile后运行的一些结果与在其他
同类机器得到的data（这些data是amber附带的)来个diff
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 什么样的failure, 无法计算还是计算结果不对. 另外干嘛用amber呢, amber的后继开发
: 情况好像不容乐观呀.
~~~~~~~~~~~~~~2002年出了amber7阿，为什么这样说？我不是太了解个中具体情况
              还有什么比较便宜的好选择？不能illegal的~

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: amber测试过程中有好几个程序failure                                 
时间  北大未名站 (2003年10月05日13:46:03 星期天), 转信                       
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【 在 tonydudu (xanadu) 的大作中提到: 】
: 是用amber本身提供的测试程序，大概是将在本机compile后运行的一些结果与在其他
: 同类机器得到的data（这些data是amber附带的)来个diff
这个正常把, 计算精度和随机数生成都会有差异的
: ~~~~~~~~~~~~~~2002年出了amber7阿，为什么这样说？我不是太了解个中具体情况
amber的头已经死了呀, 不知道现在还有没有人接手
:               还有什么比较便宜的好选择？不能illegal的~
namd2和gromacs都是免费的. 而且我比较看好

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: amber测试过程中有好几个程序failure                                 
时间  北大未名站 (2003年10月05日14:10:40 星期天), 转信                       
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NAMD的页面上给了这么个software database的Category Index，有很多MD之外的东东，
恩，可以去看看

http://www.ks.uiuc.edu/Development/biosoftdb/

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 这个正常把, 计算精度和随机数生成都会有差异的
: amber的头已经死了呀, 不知道现在还有没有人接手
: namd2和gromacs都是免费的. 而且我比较看好

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作者  photofox (cb), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: amber测试过程中有好几个程序failure                                 
时间  北大未名站 (2003年10月05日19:15:19 星期天), 转信                       
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我今天才把amber编译好，amber真的不行了吗？好多文献都用它啊

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 这个正常把, 计算精度和随机数生成都会有差异的
: amber的头已经死了呀, 不知道现在还有没有人接手
: namd2和gromacs都是免费的. 而且我比较看好

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作者  newjun (闲), 信区: Bioinformatics                                      
标题  Re: amber测试过程中有好几个程序failure                                 
时间  北大未名站 (2003年10月05日19:54:13 星期天), 转信                       
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从装吧，用RH 8.0以及以下版本
RH 9.0不好，尤其是对8。0程序的兼容性

【 在 tonydudu (xanadu) 的大作中提到: 】
: 机器是intel P4, redhat 9,  amber6,g77 compiler
: install一切正常
: 运行amber提供的测试过程中有好几个possible failure，排除掉输出格式问题的
: 还是有不少 *.dif
: manual里面说这与机器及操作系统有关
: 请问这类failure对将来的计算影响大么？主要是做protein-protein的
: 有什么解决办法？
: thx

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: amber测试过程中有好几个程序failure                                 
时间  北大未名站 (2003年10月05日21:29:33 星期天), 转信                       
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但是发展前景显然不容乐观呀, 当然生物大分子领域最经典的两个力场就是charmm
和amber了, 但是现在别的动力学软件包也提供得有接口的, 而且程序本身的性能更
好. charmm/amber这样的程序重写的可能性恐怕不大
【 在 photofox (cb) 的大作中提到: 】
: 我今天才把amber编译好，amber真的不行了吗？好多文献都用它啊