[合集]自己教自己——讨论一下教材      

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]自己教自己——讨论一下教材
发信站: 北大未名站 (2003年05月18日16:11:49 星期天), 转信

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  自己教自己——讨论一下教材                                             
时间  北大未名站 (2003年05月17日11:39:21 星期六), 转信                       
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今天大家讨论一下教材的问题如何。我想，不管是生物信息学了多久
的，教材是什么，估计是个不一样的。我知道，有些学校是有教材的。
但是，不觉得资料的内容太陈旧么？做生物信息，给你的机会是：你
最多可以落后半年，而且，必须立即赶上。否则，你就要完蛋。大家
都在做生物信息，都在抢，所以，不要太斯文了，谁敢跟我们抢，我
们就跟他们拼。
    另外，最近发现自己的知识架构缺陷很大，在版上看看，基本也
是这样。有计算机强的，生物一般；生物不错的，计算机巨烂，例如，
我本人；有对结构生物学强的，对序列又马马虎虎。所以，感觉有必
要做这样一件事情：我们需要什么样的教材？既然学校不能给我们想
要的，我觉得，我们还是自己做。
    请注意：我在这里是希望与各位讨论入门的教材，最好是：生物
信息相关领域，各有一本做代表，就足够了。
我的推荐是：
1.序列比对方面：《生物信息学——序列与基因组分析》   David W.
Mount
这本书，应该是到处有卖的，不过很贵，73RMB，所以，如果有电子版
的，请提供。
参考教材： 1.孙之荣，李衍达合译的那本书的（名字想不起来，蛋白
与核酸的序列分析？）原版。是原版，看书，还是看原版好一些。
2.樊龙江的《生物信息学札记》，很适合入门。对了解序列比对帮助
还是不小的。
课外读物：current protocol in bioinformatics  做生物信息，没
有protocol,就像做实验不看《分子克隆》一样，能想象么？
2.计算机方面：
  a. bioperl 或者是perl，这是对生物学家最popular的编程语言，
简单，易学。
  b.数据库编程及使用。掌握简单的就可以了。foxpro，mysql，等等
都可以，access好像合适商用了。
  c. linux系统，这好像是一定要看的。
其他尚缺的：
1. 数学，请推荐。好象统计的书，看看比较好。
2. 结构生物信息，看什么教材？
3. 物理学，不需要？
这个需要各位来说说了。大家讨论一下，定一下大致看什么样的书。
当然，有些书你可以不看，或者看另外一些书。但是，有个general的
protocol总是好一些。
然后大家分头去找教材，先传到我这里或是biojs那里，整理一下，作
为我们统一的入门教材。然后花上一点时间看看。感兴趣的看细一些，
不感兴趣，就简单翻翻。总而言之，一是希望基础扎实，二是希望知
识面拓宽。
大家看看，怎么搞？

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作者  tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日12:10:11 星期六), 转信                       
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那几本的电子版到处都有

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日13:11:18 星期六), 转信                       
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hehe，个人观点，仅供参考……

1、Mount的书
优点：
写的比较通俗，非数理背景的人看起来可能比较轻松，
书中有不少例子，还有一些protocol之类的东东，可能比较
适合PNP的爱用者:)。

缺点：
书中很多地方都说的不是很严格，不少例子有漏洞，细节值得商榷。
另外，这本书的系统性不强，对于一些基本概念和方法的讨论略显肤浅
个人认为不太适合初学者。
不过书中给了N多的URL，当作快速参考手册还是不错的。

2、情话出版社影印的Biological Sequence Analysis: Probabilistic models of
proteins and nucleic acids.
优点：结构严谨、清晰，重点突出，适合系统的学习
缺点：前几章的学习曲线稍微陡了一些，非数理背景的人可能会感觉很吃力
不过，只要挺过来了后面还是很顺利的。
典型的英国风格，语言流畅，例子不多但都很贴切，个人强烈推荐。

3、李/孙翻译的《生物信息学：基因和蛋白质分析的实用指南》
(Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins)
纠正一下，这本书和第二本没什么关系，虽然从（中文）名字上看着比较象……
是NCBI的人写的，原书1998年出版。
优点：
……中文的看起来可能比英文的舒服一点……？
缺点：
……old了一点……这个应该算是翻译书的通病……
有时间的话，当作一本早期研究成果的review看看也不错
不过书中主要强调美国人的工作，对于欧洲的很多好东东都没怎么提……
建议与罗老师翻译的《生物信息学概论》（Introduction to bioinformatics）
结合起来看。

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日13:23:46 星期六), 转信                       
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计算机方面，个人感觉目前好书虽然不少，但针对生物信息的实在不多……
个人建议：

数据结构：情话的那本应该算是（国内的）经典，只是好象太难了一点……:)
如果想找本稍微简单的，可以看看算法导论（Introduction to Algorithms）
高教影印的。没必要全看，可以当作字典，需要的时候翻翻就可以了。

语言：Perl的当然是Learning Perl，其它的O'Reilly出版社的书也都不错。
有精力的话建议看看Java，Perl有时候还是2 simple了一点。

数据库：基本观念方面可以看《数据库系统概念》的前五章，主要了解
SQL的基本用法以及范式的定义（至少知道1NF和3NF/BCNF之间的区别）。
至于实作……随便找本MySQL的入门手册就可以了
不建议用M$ SQL Server……
……access……还可以玩玩。

软件工程：这个很重要的，但是现在好象还真的没什么特别的好教材可以看……:(

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日13:24:48 星期六), 转信                       
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hehe，生物的书各位大哥是不是也推荐一些？
尤其是比较基础的，如有机/无机化学方面的书？

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日13:58:04 星期六), 转信                       
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哈哈，评价的好。我觉得很nod。不过monut的书还是比较适合初学者
的。我看的第二本生物信息的书，就是这本，当然，有一些说得比较
含糊，而且，符合老美的风格，就是螺里巴索，前面说过了多序列比
对，到后面系统发育分的时候还要啰嗦几句，不过有些东东不必看就
是了。
至于probabilistic的那本书，写的侧重于算法，思想，还是蛮深的
是我看的第三本生物信息的书，有点费劲
至于孙的书，那是我的入门教材，起初是一点不懂。不过后来感觉
有点过时，就不大看了。第二版已经出来好久了，不过强不了太多，
还好了。

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日14:01:08 星期六), 转信                       
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感觉哦，数据结构，数据库等等，我们是上的。基本上这方面问题不
大，清华的分C版和pascal版，思想是差不多的。
perl自然要学，不过玩bioperl就更好。
至于软件工程？我们现在要做软件还是做计算？这个我觉得要讨论一
下吧？软件这个东东就比单纯的程序要复杂得多了。
请各位讨论。

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日14:01:52 星期六), 转信                       
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嗯，生物的书，还是要生物专业的人来说说比较好，我是学化学的，
感觉有机看看基本上是够了

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作者  wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日14:32:36 星期六) , 站内信件                  
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佩服，佩服！鄙人到现在也没看完一本。主要还是因为英语不过关，惭愧啊！

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日16:52:04 星期六) , 站内信件                  
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个人认为计算是关键,算法的准确度及快慢是品价软件的核心.其实造软件肯定要考虑算法问
题.

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日16:56:40 星期六) , 站内信件                  
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我觉的生物化学(沈同的好像很经典,但不知之几年有否更新版),生物物理学,分子生物学是必
需的,牛哥说,生物学的东西全包括在里面.

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日16:57:42 星期六), 转信                       
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我们其实大多数时候只是用程序check一下idea是不是work, 编程序不必
耗费太多的精力和玩弄太多的技巧, 够用就行. 当然如果有人专门搞某个
算法的实现那又是另外一回事情了

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作者  chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics         
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日17:02:28 星期六), 转信                       
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                            有。第三版。好象。            大部分不必需。
? 需的,牛哥说,生物学的东西全包括在里面.
          别专业想上手bioinfo，其实光看分子生物学得前几章就可以开始做了
     不过这样得生物基础，只能是吵吵老问题得冷饭罢了。

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日17:30:17 星期六), 转信                       
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哎，各位还是讨论怎么选教材吧。原则应当是这样啦：
1.少而精。
2.适合任何专业的人上手。
每个方面都推荐很多，怎么看得完？？

                            有。第三版。好象。            大部分不必需。
? 需的,牛哥说,生物学的东西全包括在里面.
          别专业想上手bioinfo，其实光看分子生物学得前几章就可以开始做了
     不过这样得生物基础，只能是吵吵老问题得冷饭罢了。

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日18:06:53 星期六), 转信                       
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hehe，这就是需求决定策略了……

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日18:08:20 星期六), 转信                       
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这个……其实很难说……
程序 = 算法 + 数据结构
软件 = 程序 + 文档
……虽然老了一点，但应该说还不算过时……

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作者  zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日18:10:29 星期六), 转信                       
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这个其实很困难，不同背景的人看中的东西应该还是有很大差异的……
而且
任何一门学科想要深入那怕一点点，都够钻上个二、三年的……

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月17日19:13:58 星期六) , 站内信件                  
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附件，文件目录，list.txt

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 自己教自己——讨论一下教材                                         
时间  北大未名站 (2003年05月18日13:52:08 星期天), 转信                       
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我想这个问题,到此结束。我放一个参考的教材在ftp里面，各位帮
着看看，不合适的地方请指出。谢谢。

附件，文件目录，list.txt