[合集]大家听说过TINKER package和CHARMM

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]大家听说过TINKER package和CHARMM
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:04:43 星期天), 站内信件

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作者  shaoliu (天煞孤星), 信区: Bioinformatics                               
标题  大家听说过TINKER package和CHARMM没有？                                 
时间  北大未名站 (2004年03月02日21:33:25 星期二), 站内信件                   
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好象都是从头预测的方法的，分布式实现
请问哪里有这两个东西的详细资料？？

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 大家听说过TINKER package和CHARMM没有？                             
时间  北大未名站 (2004年03月02日21:47:06 星期二), 转信                       
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这两个都是做分子动力学模拟的东西, 支持并行计算. 原则上计算能力足够的话,
是可以通过MD观察到折叠过程, 但是计算量实在是要求太大了, 而且对于长时间
模拟也还有很多其他的东西需要考虑
【 在 shaoliu (天煞孤星) 的大作中提到: 】
: 好象都是从头预测的方法的，分布式实现
: 请问哪里有这两个东西的详细资料？？

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作者  shaoliu (天煞孤星), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 大家听说过TINKER package和CHARMM没有？                             
时间  北大未名站 (2004年03月02日22:32:06 星期二), 站内信件                   
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分子动力学模拟？那从方法的定义上面的来说如果用这两个东西做蛋白质
folding话是从头预测吧！
国外已经用这两个东西做成了东西。floding@home就是用的是tinker。
但是好象只限于预测短的氨基酸序列。
这两个东西是不是都是商业的？有没有免费的？
是否有免费的相关软件包？请指教！

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 这两个都是做分子动力学模拟的东西, 支持并行计算. 原则上计算能力足够的话,
: 是可以通过MD观察到折叠过程, 但是计算量实在是要求太大了, 而且对于长时间
: 模拟也还有很多其他的东西需要考虑

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 大家听说过TINKER package和CHARMM没有？                             
时间  北大未名站 (2004年03月03日00:17:39 星期三), 转信                       
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【 在 shaoliu (天煞孤星) 的大作中提到: 】
: 分子动力学模拟？那从方法的定义上面的来说如果用这两个东西做蛋白质
: folding话是从头预测吧！
nod
: 国外已经用这两个东西做成了东西。floding@home就是用的是tinker。
: 但是好象只限于预测短的氨基酸序列。
通过MD做结构预测是非常实验性质的
: 这两个东西是不是都是商业的？有没有免费的？
tinker好像是免费的,charmm是商业的, 常见的GPL的MD软件还有NAMD和GROMACS
: 是否有免费的相关软件包？请指教！

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 大家听说过TINKER package和CHARMM没有？                             
时间  北大未名站 (2004年03月03日01:15:04 星期三), 转信                       
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还是去用gromacs吧。tinker好像是个框架，要自己细化的。gromacs速度最快。。。
shaoliu究竟要干吗？科普？博物？还是寻找potential的灌水方向？

尽管问吧，不要计较被shame。

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】

【 在 shaoliu (天煞孤星) 的大作中提到: 】
: 分子动力学模拟？那从方法的定义上面的来说如果用这两个东西做蛋白质
: folding话是从头预测吧！
nod
: 国外已经用这两个东西做成了东西。floding@home就是用的是tinker。
: 但是好象只限于预测短的氨基酸序列。
通过MD做结构预测是非常实验性质的
: 这两个东西是不是都是商业的？有没有免费的？
tinker好像是免费的,charmm是商业的, 常见的GPL的MD软件还有NAMD和GROMACS
: 是否有免费的相关软件包？请指教！

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作者  shaoliu (天煞孤星), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 大家听说过TINKER package和CHARMM没有？                             
时间  北大未名站 (2004年03月03日13:33:11 星期三), 站内信件                   
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准备做象folding@home和distributed folding一样的东东
但是现在才开始看生物方面的东西。只是知道蛋白质结构预测的大概几
种方法，具体算法的实现非常不太清楚！不知道怎么下手！
迷茫中。。。。。

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 还是去用gromacs吧。tinker好像是个框架，要自己细化的。gromacs速度最快。。。
: shaoliu究竟要干吗？科普？博物？还是寻找potential的灌水方向？
: 尽管问吧，不要计较被shame。
: nod
: 通过MD做结构预测是非常实验性质的
: tinker好像是免费的,charmm是商业的, 常见的GPL的MD软件还有NAMD和GROMACS

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 大家听说过TINKER package和CHARMM没有？                             
时间  北大未名站 (2004年03月03日15:29:05 星期三), 转信                       
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我不是说了么，你最好找一个生物的系统。比如，抗体改造设计啊，同源建模啊，或者纯

粹做算法，你当前的目标是什么？总有具体的啊，对症下药才比较好。
我瞅你发了不少帖子了，问得都稍过于宽泛，别人也不知道怎么回答你。

【 在 shaoliu (天煞孤星) 的大作中提到: 】
准备做象folding@home和distributed folding一样的东东
但是现在才开始看生物方面的东西。只是知道蛋白质结构预测的大概几
种方法，具体算法的实现非常不太清楚！不知道怎么下手！
迷茫中。。。。。

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 还是去用gromacs吧。tinker好像是个框架，要自己细化的。gromacs速度最快。。。
: shaoliu究竟要干吗？科普？博物？还是寻找potential的灌水方向？
: 尽管问吧，不要计较被shame。
: nod
: 通过MD做结构预测是非常实验性质的
: tinker好像是免费的,charmm是商业的, 常见的GPL的MD软件还有NAMD和GROMACS

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作者  shaoliu (天煞孤星), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 大家听说过TINKER package和CHARMM没有？                             
时间  北大未名站 (2004年03月03日16:08:26 星期三), 站内信件                   
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我近期的目标就是要写综述，所以这里看下，那里看下的。都了解下性能。
首先要确定是用哪一类分析蛋白质结构的方法：同源建摸，threading,
还是从头预测。由于计算量很大，从头预测对于分布式上来说最有意义
做（而且目前做的分布式系统，比如folding@home都是用从头建模）
但是门槛好象很高的，要用到量子力学内容，动力学。
我不是学物理，也不是学生物的，所有的东西对于我来说都是新的
所以比较郁闷。
目前想知道的东西也最好泛一点的，尽量多了解的。定下来有肯定就
专了。

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 我不是说了么，你最好找一个生物的系统。比如，抗体改造设计啊，同源建模啊，或者纯
: 粹做算法，你当前的目标是什么？总有具体的啊，对症下药才比较好。
: 我瞅你发了不少帖子了，问得都稍过于宽泛，别人也不知道怎么回答你。
: 准备做象folding@home和distributed folding一样的东东
: 但是现在才开始看生物方面的东西。只是知道蛋白质结构预测的大概几
: 种方法，具体算法的实现非常不太清楚！不知道怎么下手！
: 迷茫中。。。。。

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 大家听说过TINKER package和CHARMM没有？                             
时间  北大未名站 (2004年03月03日18:26:35 星期三), 转信                       
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哈哈，没关系，没关系。我以前是学化学的。慢慢来，别郁闷了。感觉做结构方面的，还
是要有深一点的基础。我指的是实验室的研究基础。比如对面刘海燕老师的实验室，一个
gromos搞来搞去搞了很多年，他最好的一个学生，就是在他原来的基础上又做了很多东西
，不过要是没有这个基础，肯定不照的。
还有我们一个高分子的实验室，也转做蛋白折叠方面的，主要是因为monte carlo很强。

结合实验室的情况，然后再作决定吧。

【 在 shaoliu (天煞孤星) 的大作中提到: 】
: 我近期的目标就是要写综述，所以这里看下，那里看下的。都了解下性能。
: 首先要确定是用哪一类分析蛋白质结构的方法：同源建摸，threading,
: 还是从头预测。由于计算量很大，从头预测对于分布式上来说最有意义
: 做（而且目前做的分布式系统，比如folding@home都是用从头建模）
: 但是门槛好象很高的，要用到量子力学内容，动力学。
: 我不是学物理，也不是学生物的，所有的东西对于我来说都是新的
: 所以比较郁闷。
: 目前想知道的东西也最好泛一点的，尽量多了解的。定下来有肯定就
: 专了。