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-- 发布时间：9/23/2004 2:05:00 AM
-- [合集]昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
[合集]昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍
发信人: kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
发信站: 北大未名站 (2003年11月23日10:19:13 星期天), 转信 ───────────────────────────────────────
作者 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics
标题 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月07日20:29:46 星期五) , 站内信件
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恩！感觉比DNA有意思多了。 ───────────────────────────────────────
作者 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月07日20:38:48 星期五) , 站内信件
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可能是想一个东西想多了
就想换换口味
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 恩！感觉比DNA有意思多了。 ───────────────────────────────────────
作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月07日20:40:50 星期五), 转信
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呵呵，怪不得昨天老李上完课回来说有人两眼放光
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 恩！感觉比DNA有意思多了。 ───────────────────────────────────────
作者 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月07日20:41:23 星期五) , 站内信件
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ei ?
那可能就是我了
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 呵呵，怪不得昨天老李上完课回来说有人两眼放光 ───────────────────────────────────────
作者 sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月07日22:37:11 星期五), 转信
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Dr 李FT啊。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 呵呵，怪不得昨天老李上完课回来说有人两眼放光 ───────────────────────────────────────
作者 chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日00:30:05 星期六), 转信
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都做了至少1年多了
容易想到得 好做得 能发大paper得 idea 都做得差不多了..
北大不是发了篇网络动力学得pnas么
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 恩！感觉比DNA有意思多了。 ───────────────────────────────────────
作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日12:10:49 星期六), 转信
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PNAS,这么牛呀,
能具体介绍介绍马?
【 在 chevalier (游侠◎为THU哭泣) 的大作中提到: 】
: 都做了至少1年多了
: 容易想到得 好做得 能发大paper得 idea 都做得差不多了..
: 北大不是发了篇网络动力学得pnas么 ───────────────────────────────────────
作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日12:11:30 星期六), 转信
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现在感觉protein-dna更有意思。
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 恩！感觉比DNA有意思多了。 ───────────────────────────────────────
作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日12:25:00 星期六), 转信
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hehe,为什么呢？ P2P显然比P2D互作的模式要多的多啊，似乎也更精彩一点：） 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 现在感觉protein-dna更有意思。 ───────────────────────────────────────
作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日12:42:06 星期六), 转信
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主要前两天听了michael zhang的报告的缘故吧。
而且p2p的false positive太多了。
p2d还可以直接考查调控中的关系。
我总觉得分析p2d生物味道更浓一点。
不过两者的结合应该说是很重要的。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: hehe,为什么呢？
: P2P显然比P2D互作的模式要多的多啊，似乎也更精彩一点：） ───────────────────────────────────────
作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日12:47:27 星期六), 转信
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的确，相对于P2P，P2D更基于序列一点，而且也更上游。 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 主要前两天听了michael zhang的报告的缘故吧。
: 而且p2p的false positive太多了。
: p2d还可以直接考查调控中的关系。
: 我总觉得分析p2d生物味道更浓一点。
: 不过两者的结合应该说是很重要的。 ───────────────────────────────────────
作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日12:56:57 星期六), 站内信件
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都很精彩，识别模式背后的东西都是比较模糊。就我看到的文献而言，计算研究
Protein-Protein Docking的比Protein-DNA要多很多。 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: hehe,为什么呢？
: P2P显然比P2D互作的模式要多的多啊，似乎也更精彩一点：） ───────────────────────────────────────
作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日13:18:45 星期六), 转信
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刚才看了几篇文章，好像目前有一个热点是transcriptional regulation network中
的protein protein interaction, hehe 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 主要前两天听了michael zhang的报告的缘故吧。
: 而且p2p的false positive太多了。
: p2d还可以直接考查调控中的关系。
: 我总觉得分析p2d生物味道更浓一点。
: 不过两者的结合应该说是很重要的。 ───────────────────────────────────────
作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日13:55:43 星期六), 转信
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also RNA-protein 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 现在感觉protein-dna更有意思。 ───────────────────────────────────────
作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日13:59:30 星期六), 站内信件
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容易发文章都是热点把！ 【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
刚才看了几篇文章，好像目前有一个热点是transcriptional regulation network中
的protein protein interaction, hehe 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 主要前两天听了michael zhang的报告的缘故吧。
: 而且p2p的false positive太多了。
: p2d还可以直接考查调控中的关系。
: 我总觉得分析p2d生物味道更浓一点。
: 不过两者的结合应该说是很重要的。 ───────────────────────────────────────
作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日17:38:20 星期六), 转信
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就是co-occurence 或者 synergy 图吧
最近确实看到很多nar，jmb或者nature什么都有
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 刚才看了几篇文章，好像目前有一个热点是transcriptional regulation network中
: 的protein protein interaction, hehe ───────────────────────────────────────
作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日18:09:59 星期六), 转信
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你说的co-occurence也是其中的一个方面。 我看的那几篇是关于network motif的，2篇NG两篇PNAS，介绍pattern of
interconnections in transcriptional regulation network. 差不多去年刚刚提出的概念，一眨眼已经发了n篇paper了，MIT一堆人用控制论模型提出
了6种模式，接着又一堆人用结点模型又提出了N种模式，偶反正是很不以为然。。。 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 就是co-occurence 或者 synergy 图吧
: 最近确实看到很多nar，jmb或者nature什么都有 ───────────────────────────────────────
作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日18:27:21 星期六), 转信
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你说的那个motif应该最早是以色列的那个Alon说的吧。
先是在ng后在science上面灌。 然后MIT的Richard Young那个group用于他们的location数据 感觉yeast方面的数据是越出越多呀。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 你说的co-occurence也是其中的一个方面。
: 我看的那几篇是关于network motif的，2篇NG两篇PNAS，介绍pattern of
: interconnections in transcriptional regulation network.
: 差不多去年刚刚提出的概念，一眨眼已经发了n篇paper了，MIT一堆人用控制论模型提出
: 了6种模式，接着又一堆人用结点模型又提出了N种模式，偶反正是很不以为然。。。 ───────────────────────────────────────
作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日18:43:16 星期六), 转信
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其实Science上面那篇应该更早一点从内容上看，但估计审稿人耽误了点时间：） 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 你说的那个motif应该最早是以色列的那个Alon说的吧。
: 先是在ng后在science上面灌。
: 然后MIT的Richard Young那个group用于他们的location数据
: 感觉yeast方面的数据是越出越多呀。 ───────────────────────────────────────
作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 昨天听了一节蛋白质作用网络的介绍课
时间 北大未名站 (2003年11月08日18:47:15 星期六), 转信
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呵呵，yeast的数据肯定是越来越多越来越好啊，不过也别着急，
现在Drosophila中的protein interaction的map不是也出来了吗，而且据说data
很快就会release的，估计这下又有好多人要等着灌水喽，hoho。。。 【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 你说的那个motif应该最早是以色列的那个Alon说的吧。
: 先是在ng后在science上面灌。
: 然后MIT的Richard Young那个group用于他们的location数据
: 感觉yeast方面的数据是越出越多呀。
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