Jena是RDF和OWL的API，也提供OWL和RDF的推理功能，Racer是描述逻辑推理机，刚刚开始试验性的支持OWL－DL推理。
如果你是说比较推理方面，Jena自身提供的是基于规则的推理机，不能对所有的OWL－DL推理功能支持，性能上也比不过Racer，Racer算是DL推理机里性能最强悍的了，可以支持工业使用，Jena里的Rule Reasoner用过的都知道，性能实在是不怎么样。但Racer使用的是DIG接口，需要通过HTTP或是TCP访问，所以如果你的KB不是很复杂的话，可能会由于通信的时间消耗反而使性能下降。另一方面Racer一定程度来说只是单纯的推理机，它不对KB的存储做很多考虑，而Jena下对KB的存储乃至持久化支持的都很完整（可以把KB直接存在关系数据库中）。新版的Jena 2.2 已经开始支持集成使用DIG接口的Reasoner了，我还没有试过，不过正在考虑使用。
Jena是一定要用的，用不用Racer要看你的KB的复杂程度和对推理功能的要求。

Jena里所有的Resource和Literal都是Value性的，要改变的话只有remove &add, 不过有一个ResourceUtils.renameResource()， 但要清楚，它也是remove&add，只是方便些。