[合集]问一篇文章
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]问一篇文章
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:27:08 星期天), 站内信件
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:56:22 星期五), 转信
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记得2000年还是2001年nature genetics上有一篇关于将expression profile和protein－
protein interaction整合到一起来做network的文章，怎么找不到了，请问谁看过啊，提
示一下，偶就记得第一作者是个中国人
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:57:54 星期五) , 站内信件
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Ge H et.al,
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 记得2000年还是2001年nature genetics上有一篇关于将expression profile和protein－
: protein interaction整合到一起来做network的文章，怎么找不到了，请问谁看过啊，提
: 示一下，偶就记得第一作者是个中国人
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:59:26 星期五) , 站内信件
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that mm is from Vidal lab at Harvard
i heard this paper came out from a homework essay when she was taking a bioin
formatics class of George Church.
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 记得2000年还是2001年nature genetics上有一篇关于将expression profile和protein－
: protein interaction整合到一起来做network的文章，怎么找不到了，请问谁看过啊，提
: 示一下，偶就记得第一作者是个中国人
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月11日00:00:31 星期六), 转信
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恩，就是了。不过好像有不少人怀疑他的结果，今天听人提起，想看看
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: Ge H et.al,
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月11日00:07:15 星期六) , 站内信件
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there is actually a comment on this paper at Nature Genetics this year
doubting its result
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 恩，就是了。不过好像有不少人怀疑他的结果，今天听人提起，想看看
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月11日00:08:47 星期六), 转信
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呵呵，我还知道有一篇ng质疑它的结果，然后另外一篇ng又来反驳。。。是gu啊，
还是he啊，忘了，是中国人。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
记得2000年还是2001年nature genetics上有一篇关于将expression profile和protein－
protein interaction整合到一起来做network的文章，怎么找不到了，请问谁看过啊，提
示一下，偶就记得第一作者是个中国人
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月11日00:09:15 星期六), 转信
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呵呵，对对，就这个，一个东东灌出三篇ng...牛啊。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
Ge H et.al,
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 记得2000年还是2001年nature genetics上有一篇关于将expression profile和protein－
: protein interaction整合到一起来做network的文章，怎么找不到了，请问谁看过啊，提
: 示一下，偶就记得第一作者是个中国人
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月11日00:13:26 星期六) , 站内信件
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this is the routine:
if someone wrote a correspondence to the editor to dispute a paper, unless th
at paper is truely wrong and the authors had nothing to argue , they will be
given a chance to write a response letter in the same issue
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，我还知道有一篇ng质疑它的结果，然后另外一篇ng又来反驳。。。是gu啊，
: 还是he啊，忘了，是中国人。
: 记得2000年还是2001年nature genetics上有一篇关于将expression profile和protein－
: protein interaction整合到一起来做network的文章，怎么找不到了，请问谁看过啊，提
: 示一下，偶就记得第一作者是个中国人
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作者 wasstui (旅行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:31:23 星期六) , 站内信件
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两个月前我仔细看过这几篇文章，这里简单介绍一下：
Ge hui 2001年在ng上发了一篇文章用很简单的方法证明表达谱的数据和蛋白相互作用的
数据具有明显的相关性。2003年德国的一些人（他们2001年在genome reserch上也探讨过
两个数据集之间的相关性，似乎比Ge还早一些）在ng上质疑Ge的工作，认为Ge得到很好的
结果是因为数据集中存在大量的自相互作用，如果除去自相互作用就不能得到这样的结果
。在同一期的ng上Ge进行了回应，承认不应该考虑自相互作用，但坚持认为即使除去自相
互作用两个数据集仍有明显的相关性。个人认为Ge的回应非常无力，最让人费解的是Ge在
回应中没有画最能够说明问题的一个柱状图，反而画了一批很含糊的倒三角图。我不
相信这是偶然，只能解释为Ge不愿意这么快承认2001年的文章彻底是错的。
本人也接触过这两套数据集，感觉它们是有相关的，只是Ge的方法不能得到这样的结论（
至少在我看来）。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，我还知道有一篇ng质疑它的结果，然后另外一篇ng又来反驳。。。是gu啊，
: 还是he啊，忘了，是中国人。
: 记得2000年还是2001年nature genetics上有一篇关于将expression profile和protein－
: protein interaction整合到一起来做network的文章，怎么找不到了，请问谁看过啊，提
: 示一下，偶就记得第一作者是个中国人※ 修改:·wasstui 於 10月11日21:33:19 修改本文·[FROM: 159.226.118.164]
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:39:57 星期六), 转信
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bingle！偶也觉得那些三角图有点不伦不类的。
德国人的工作正式发表比Ge Hui晚了差不多20天吧，呵呵，对于Ge文种所说的“第一次进
行的尝试”老毛子显然有点不服气啊，呵呵
【 在 wasstui (旅行) 的大作中提到: 】
: 两个月前我仔细看过这几篇文章，这里简单介绍一下：
: Ge hui 2001年在ng上发了一篇文章用很简单的方法证明表达谱的数据和蛋白相互作用的
: 数据具有明显的相关性。2003年德国的一些人（他们2001年在genome reserch上也探讨过
: 两个数据集之间的相关性，似乎比Ge还早一些）在ng上质疑Ge的工作，认为Ge得到很好的
: 结果是因为数据集中存在大量的自相互作用，如果除去自相互作用就不能得到这样的结果
: 。在同一期的ng上Ge进行了回应，承认不应该考虑自相互作用，但坚持认为即使除去自相
: 互作用两个数据集仍有明显的相关性。个人认为Ge的回应非常无力，最让人费解的是Ge在
: 回应中没有画最能够说明问题的一个柱状图，反而画了一批很含糊的倒三角图。我不
: 相信这是偶然，只能解释为Ge不愿意这么快承认2001年的文章彻底是错的。
: 本人也接触过这两套数据集，感觉它们是有相关的，只是Ge的方法不能得到这样的结论（
: ...........................
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月11日23:57:00 星期六) , 站内信件
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德国人的工作要市正式发表在Genome Research上只比Ge et.al 晚了20天，那他们实际投
paper可能还要早得多。 Genome Research 审稿出奇的慢。我一片manuscript 2月投的，
到了8月底才会来2个referee response
所以有时候不能贪IF, 有的时候速度也很重要的，可以claim是first time doing sth..
.
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: bingle！偶也觉得那些三角图有点不伦不类的。
: 德国人的工作正式发表比Ge Hui晚了差不多20天吧，呵呵，对于Ge文种所说的“第一次进
: 行的尝试”老毛子显然有点不服气啊，呵呵
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月12日00:05:58 星期天), 转信
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这种情况是不是可以写信去催催审稿人呀：）
NG的IF又高，审的又快，难怪这么受欢迎，呵呵
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: 德国人的工作要市正式发表在Genome Research上只比Ge et.al 晚了20天，那他们实际投
: paper可能还要早得多。 Genome Research 审稿出奇的慢。我一片manuscript 2月投的，
: 到了8月底才会来2个referee response
: 所以有时候不能贪IF, 有的时候速度也很重要的，可以claim是first time doing sth..
: .
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月12日00:10:37 星期天) , 站内信件
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【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 这种情况是不是可以写信去催催审稿人呀：）
: NG的IF又高，审的又快，难怪这么受欢迎，呵呵
~~据
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月12日00:13:51 星期天) , 站内信件
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我们都已经不知道把handling editor 催成什么样子了...
NG是很快，不过除非super interesting的东西，不然很难的
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 这种情况是不是可以写信去催催审稿人呀：）
: NG的IF又高，审的又快，难怪这么受欢迎，呵呵
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月12日01:10:54 星期天), 转信
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呵呵，要发NG是不是应该有三个要素：
1。NG级别的idea,
2.NG级别的解决方法
3。足够的运气。
缺一不可，哈。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
我们都已经不知道把handling editor 催成什么样子了...
NG是很快，不过除非super interesting的东西，不然很难的
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 这种情况是不是可以写信去催催审稿人呀：）
: NG的IF又高，审的又快，难怪这么受欢迎，呵呵
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月13日04:21:53 星期一), 转信
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actually, i had the feeling that a lot of ( maybe the majority
) of bioinformatics papers on NG doesn't use very advanced
techniques. instead they used some simple tool and algorithmic
solutions to ask some super-interesting biology questions.
so to me, for a NG paper, 1 is most important, while 2 is not a must.
i am actually thinking of this for a few days since last week. the thing
i am wondering is, whether it's more important to dig into biology and make
interesting stories, or place more focus on developing methods , as a phd
student. now i am leaning toward the latter, that is , i think in the
long run, developing methods might be more important for a phd student.
you improve ur skills, and most importantly, i think people in this area
recognize someone mostly because of powerful new methods and tools which
you can use to ask new questions and solve problems unsolvable by existing
methods. you might be able to have some cool ideas for once or two, but in
the long run , in order to succeed, keep an edge in technology is very
important.
i would like to discuss more on this issue
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，要发NG是不是应该有三个要素：
: 1。NG级别的idea,
: 2.NG级别的解决方法
: 3。足够的运气。
: 缺一不可，哈。
: 我们都已经不知道把handling editor 催成什么样子了...
: NG是很快，不过除非super interesting的东西，不然很难的
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月13日15:38:02 星期一), 转信
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nod,nod。做phd的时候，如果灵光乍现一下，有好的idea，可以做好的工作，一般还是注
重一些技术方面的学习修养。
对于NG的一些文章，确实，你要是看看他的方法，一般也就是用几个工具，每个工具本身
都不难学会，但是综合在一起用，就不太简单了。当然，学会了就不难，但是学习是需要
一点时间的。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
actually, i had the feeling that a lot of ( maybe the majority
) of bioinformatics papers on NG doesn't use very advanced
techniques. instead they used some simple tool and algorithmic
solutions to ask some super-interesting biology questions.
so to me, for a NG paper, 1 is most important, while 2 is not a must.
i am actually thinking of this for a few days since last week. the thing
i am wondering is, whether it's more important to dig into biology and make
interesting stories, or place more focus on developing methods , as a phd
student. now i am leaning toward the latter, that is , i think in the
long run, developing methods might be more important for a phd student.
you improve ur skills, and most importantly, i think people in this area
recognize someone mostly because of powerful new methods and tools which
you can use to ask new questions and solve problems unsolvable by existing
methods. you might be able to have some cool ideas for once or two, but in
the long run , in order to succeed, keep an edge in technology is very
important.
i would like to discuss more on this issue
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，要发NG是不是应该有三个要素：
: 1。NG级别的idea,
: 2.NG级别的解决方法
: 3。足够的运气。
: 缺一不可，哈。
: 我们都已经不知道把handling editor 催成什么样子了...
: NG是很快，不过除非super interesting的东西，不然很难的
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月13日16:03:18 星期一), 转信
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灵光一线的credit基本上都算是boss的
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: nod,nod。做phd的时候，如果灵光乍现一下，有好的idea，可以做好的工作，一般还是注
: 重一些技术方面的学习修养。
: 对于NG的一些文章，确实，你要是看看他的方法，一般也就是用几个工具，每个工具本身
: 都不难学会，但是综合在一起用，就不太简单了。当然，学会了就不难，但是学习是需要
: 一点时间的。
: actually, i had the feeling that a lot of ( maybe the majority
: ) of bioinformatics papers on NG doesn't use very advanced
: techniques. instead they used some simple tool and algorithmic
: solutions to ask some super-interesting biology questions.
: so to me, for a NG paper, 1 is most important, while 2 is not a must.
: ...........................
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月13日22:38:56 星期一), 转信
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有少量保留的NOD，呵呵
偶有时觉得发明BLAST的Altschul等人应该拿nobel奖，至少也是菲尔兹吧，影响实在太大
了。
当然，我们不会指望学生物或者学生物信息的人都能develop出像PCR或者BLAST那样具有
划时代意义的工具和方法，但是正如yix所言，PHD的核心应该是培养解决问题尤其是
unsolved problem的能力，development of tools and methods当然是包含其中的。
同时，我觉得培养提出问题的能力也是很重要的。这和yix所说的dig into biology to
make interesting story有区别也有联系。不过偶老爸总是教育我，能提出问题是聪明，
但能解决问题才是能力，呵呵，汗ing
BTW，yix所说的long run是指从student到faculty/CXO吗？：）
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: actually, i had the feeling that a lot of ( maybe the majority
: ) of bioinformatics papers on NG doesn't use very advanced
: techniques. instead they used some simple tool and algorithmic
: solutions to ask some super-interesting biology questions.
: so to me, for a NG paper, 1 is most important, while 2 is not a must.
: i am actually thinking of this for a few days since last week. the thing
: i am wondering is, whether it's more important to dig into biology and make
: interesting stories, or place more focus on developing methods , as a phd
: student. now i am leaning toward the latter, that is , i think in the
: long run, developing methods might be more important for a phd student.
: ...........................
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月13日23:26:25 星期一), 转信
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看来你老兄还是聪明居多啊，嘻嘻。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 有少量保留的NOD，呵呵
: 偶有时觉得发明BLAST的Altschul等人应该拿nobel奖，至少也是菲尔兹吧，影响实在太大
: 了。
: 当然，我们不会指望学生物或者学生物信息的人都能develop出像PCR或者BLAST那样具有
: 划时代意义的工具和方法，但是正如yix所言，PHD的核心应该是培养解决问题尤其是
: unsolved problem的能力，development of tools and methods当然是包含其中的。
: 同时，我觉得培养提出问题的能力也是很重要的。这和yix所说的dig into biology to
: make interesting story有区别也有联系。不过偶老爸总是教育我，能提出问题是聪明，
: 但能解决问题才是能力，呵呵，汗ing
: BTW，yix所说的long run是指从student到faculty/CXO吗？：）
: ...........................
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月14日02:15:47 星期二) , 站内信件
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yeah, that's what i mean, esp. from a student to a professor, though that tra
nsition is not easy
i think sometimes it's important to distribute ur work. like Sim4, it's reall
y a simple program, and a number of labs ( inclusing us) have tools like it f
or a long time. but lots of people in the research community are using Sim4 b
ecause the author made it available. then they can get credit for distributin
g this work ( i.e. lots of citations) .
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 有少量保留的NOD，呵呵
: 偶有时觉得发明BLAST的Altschul等人应该拿nobel奖，至少也是菲尔兹吧，影响实在太大
: 了。
: 当然，我们不会指望学生物或者学生物信息的人都能develop出像PCR或者BLAST那样具有
: 划时代意义的工具和方法，但是正如yix所言，PHD的核心应该是培养解决问题尤其是
: unsolved problem的能力，development of tools and methods当然是包含其中的。
: make interesting story有区别也有联系。不过偶老爸总是教育我，能提出问题是聪明，
: 但能解决问题才是能力，呵呵，汗ing
: BTW，yix所说的long run是指从student到faculty/CXO吗？：）
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月14日03:16:02 星期二), 转信
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我偏偏不nod。
这样的transition应当是自然而然的，有就是有，没有就是没有。大多数的东西，还是练
出来的，当然，少数人有独特的天赋。这个transition not easy，但是人生里的哪一件
事情是easy的？再艰难的岁月还不是一样过？这些事情，水到渠成的事情。
至于work是不是distribute，呵呵，一言难尽吧。总而言之一句话：别人的东西，最好就
是共享，自己的东西，最好就是不给别人看。是吧？至少我是这么想的。虽然我永远不会
这么做。不把自己觉得最好的给别人，呵呵，就要失去很多更好的。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
yeah, that's what i mean, esp. from a student to a professor, though that tra
nsition is not easy
i think sometimes it's important to distribute ur work. like Sim4, it's reall
y a simple program, and a number of labs ( inclusing us) have tools like it f
or a long time. but lots of people in the research community are using Sim4 b
ecause the author made it available. then they can get credit for distributin
g this work ( i.e. lots of citations) .
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 有少量保留的NOD，呵呵
: 偶有时觉得发明BLAST的Altschul等人应该拿nobel奖，至少也是菲尔兹吧，影响实在太大
: 了。
: 当然，我们不会指望学生物或者学生物信息的人都能develop出像PCR或者BLAST那样具有
: 划时代意义的工具和方法，但是正如yix所言，PHD的核心应该是培养解决问题尤其是
: unsolved problem的能力，development of tools and methods当然是包含其中的。
: make interesting story有区别也有联系。不过偶老爸总是教育我，能提出问题是聪明，
: 但能解决问题才是能力，呵呵，汗ing
: BTW，yix所说的long run是指从student到faculty/CXO吗？：）
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作者 aroluna (☆小蟹成仙·好好修炼☆), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 问一篇文章
时间 北大未名站 (2003年10月14日10:25:31 星期二), 转信
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虽然自然而然的东西，水到渠成
但是需要的好的引导啊
什么事情都是想了去做，做了再想的
有目的锻炼自己向faculty地方向发展
那么自然你靠近它地速度就要更加快些地
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 我偏偏不nod。
: 这样的transition应当是自然而然的，有就是有，没有就是没有。大多数的东西，还是练
: 出来的，当然，少数人有独特的天赋。这个transition not easy，但是人生里的哪一件
: 事情是easy的？再艰难的岁月还不是一样过？这些事情，水到渠成的事情。
: 至于work是不是distribute，呵呵，一言难尽吧。总而言之一句话：别人的东西，最好就
: 是共享，自己的东西，最好就是不给别人看。是吧？至少我是这么想的。虽然我永远不会
: 这么做。不把自己觉得最好的给别人，呵呵，就要失去很多更好的。
: yeah, that's what i mean, esp. from a student to a professor, though that tra
: nsition is not easy
: i think sometimes it's important to distribute ur work. like Sim4, it's reall
: ...........................
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