[合集]结构生物学前景如何 ？
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]结构生物学前景如何 ？
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:17:50 星期天), 站内信件
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作者 feipeng (嗜数者), 信区: Bioinformatics
标题 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月12日11:47:49 星期天) , 站内信件
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人们都称后基因组时代已经到来。不知结构生物学到底有什么用？请大家指教
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作者 wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月12日14:08:20 星期天) , 站内信件
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用处太多了
【 在 feipeng (嗜数者) 的大作中提到: 】
: 人们都称后基因组时代已经到来。不知结构生物学到底有什么用？请大家指教
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月12日17:09:43 星期天), 站内信件
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这里有一个很好的梦想：如果知道生物体里所有的组件(这些组件是，小分子，蛋白质，糖，
，其它大分子等等)(或者是大部分的组件)的结构，如果有很好的方法(当然还没有)
预测这些组件之间的相互识别，那么就可以做出一个生命的“模型”。 比较实际一点的
说，最近的一些结构生物学的研究都是在测定结构，在研究特定结构对应的功能(比如一
些离子，分子通道(见今年的Nobel Prize in Chemistry))，即使是解出了结构，但是功
能依旧是难以解读；这和知道了序列还不知道其功能的情形差不多。
后基因组的东西：结构基因组，功能基因组等等。你看看一些文献会有更好的了解，
bbs也只能说个大概。
【 在 feipeng (嗜数者) 的大作中提到: 】
: 人们都称后基因组时代已经到来。不知结构生物学到底有什么用？请大家指教
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作者 shinedark (笨笨), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日11:44:02 星期二) , 站内信件
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开创个结构功能组学
就是关于特定结构与特定功能的对应关系的研究
相信能快捷准确解出生物大分子的技术很快就能出来啊
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 这里有一个很好的梦想：如果知道生物体里所有的组件(这些组件是，小分子，蛋白质，糖，
: ，其它大分子等等)(或者是大部分的组件)的结构，如果有很好的方法(当然还没有)
: 预测这些组件之间的相互识别，那么就可以做出一个生命的“模型”。 比较实际一点的
: 说，最近的一些结构生物学的研究都是在测定结构，在研究特定结构对应的功能(比如一
: 些离子，分子通道(见今年的Nobel Prize in Chemistry))，即使是解出了结构，但是功
: 能依旧是难以解读；这和知道了序列还不知道其功能的情形差不多。
: 后基因组的东西：结构基因组，功能基因组等等。你看看一些文献会有更好的了解，
: bbs也只能说个大概。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日12:45:49 星期二), 转信
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【 在 shinedark (笨笨) 的大作中提到: 】
: 开创个结构功能组学
: 就是关于特定结构与特定功能的对应关系的研究
: 相信能快捷准确解出生物大分子的技术很快就能出来啊
那能这么快亚, 计算上近期是绝对不可能. 实验技术上现在好像也看不到苗头
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日12:50:59 星期二), 站内信件
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结构与功能对应关系的研究 自从第一个蛋白质结构被解出的时候就开始了。你看看
SCOP等数据库建立的目的就是为了这个问题?
所谓结构功能组学，无所谓开创，已经在进行之中，只是没有这样叫而已。
结构基因组学不就是为了准确破解生物大分子的结构么？
【 在 shinedark (笨笨) 的大作中提到: 】
开创个结构功能组学
就是关于特定结构与特定功能的对应关系的研究
相信能快捷准确解出生物大分子的技术很快就能出来啊
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 这里有一个很好的梦想：如果知道生物体里所有的组件(这些组件是，小分子，蛋白质，糖，
: ，其它大分子等等)(或者是大部分的组件)的结构，如果有很好的方法(当然还没有)
: 预测这些组件之间的相互识别，那么就可以做出一个生命的“模型”。 比较实际一点的
: 说，最近的一些结构生物学的研究都是在测定结构，在研究特定结构对应的功能(比如一
: 些离子，分子通道(见今年的Nobel Prize in Chemistry))，即使是解出了结构，但是功
: 能依旧是难以解读；这和知道了序列还不知道其功能的情形差不多。
: 后基因组的东西：结构基因组，功能基因组等等。你看看一些文献会有更好的了解，
: bbs也只能说个大概。
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日13:08:17 星期二), 转信
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but recently it seems that less people are using the word 'structural
genomics'. it's like without new technology breakthrough which enables
the determination of macromolecule structure in a highthroughput fashion,
there is really no reason to give a name with 'omics'. i think
it's just a bubble idea among structural biologists
at the time when the genome sequencing was finished.
you can say, ok we basically want the determination of new fold. but
you can say the similiar thing before large scale sequencing is possible
that ' ok, we just want to sequence genes with no existing homology'. no
huge difference. unless it's really scaling up to the full genome
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 结构与功能对应关系的研究 自从第一个蛋白质结构被解出的时候就开始了。你看看
: SCOP等数据库建立的目的就是为了这个问题?
: 所谓结构功能组学，无所谓开创，已经在进行之中，只是没有这样叫而已。
: 结构基因组学不就是为了准确破解生物大分子的结构么？
: 开创个结构功能组学
: 就是关于特定结构与特定功能的对应关系的研究
: 相信能快捷准确解出生物大分子的技术很快就能出来啊
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日13:16:34 星期二), 站内信件
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【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: but recently it seems that less people are using the word 'structural
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
怎么这么肯定？ 据我所知，Structural
genomics project is ongoing.
结构基因组正在为将来构建完备的蛋白质结构空间做准备。当然，这是一个雄心勃勃的
计划。但是，这个计划的完成将是蛋白质组，功能基因组，计算蛋白质组的研究基础。
: genomics'. it's like without new technology breakthrough which enables
: the determination of macromolecule structure in a highthroughput fashion,
: there is really no reason to give a name with 'omics'. i think
: it's just a bubble idea among structural biologists
: at the time when the genome sequencing was finished.
: you can say, ok we basically want the determination of new fold. but
: you can say the similiar thing before large scale sequencing is possible
: that ' ok, we just want to sequence genes with no existing homology'. no
: huge difference. unless it's really scaling up to the full genome
: ...........................
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日13:21:38 星期二), 转信
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【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: 怎么这么肯定？ 据我所知，Structural
: genomics project is ongoing.
i am not that sure. that's why i used ' it seems'. :P
: 结构基因组正在为将来构建完备的蛋白质结构空间做准备。当然，这是一个雄心勃勃的
: 计划。但是，这个计划的完成将是蛋白质组，功能基因组，计算蛋白质组的研究基础。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日18:24:36 星期二), 转信
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好像在目前看来，结构的解析对于功能研究的意义似乎没有想象中的那么大，也许还是数
据尤其是protein－protein interaction data积累的不够吧，不过据structural
genomics的发起人（不记得是谁了）声称，这一project将把人类疾病相关蛋白作为首要
目标，很容易理解，因为这是structure－based drug discovery的基础与核心。
但是据我所知，membrane protein几乎占了已知的drug target的 2/3强，在未来这个比
例甚至还会增加，而membrane protein structure resolution目前公认是一个近乎“
impossible mission”，短期内无法得到解决，所以这个计划实施起来，难度不小。。。
前一段时间还在大讨论好像，就是关于这种投资巨大成果又共享的基础领域的投资中国是
否应该跟进，好像结果还是要跟进了，偶个人是有保留意见的，呵呵
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: 怎么这么肯定？ 据我所知，Structural
: genomics project is ongoing.
: 结构基因组正在为将来构建完备的蛋白质结构空间做准备。当然，这是一个雄心勃勃的
: 计划。但是，这个计划的完成将是蛋白质组，功能基因组，计算蛋白质组的研究基础。
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作者 kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日18:29:05 星期二), 转信
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【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 好像在目前看来，结构的解析对于功能研究的意义似乎没有想象中的那么大，也许还是数
: 据尤其是protein－protein interaction data积累的不够吧，不过据structural
: genomics的发起人（不记得是谁了）声称，这一project将把人类疾病相关蛋白作为首要
~~~~~~是不是一个日本人啊？
: 目标，很容易理解，因为这是structure－based drug discovery的基础与核心。
: 但是据我所知，membrane protein几乎占了已知的drug target的 2/3强，在未来这个比
: 例甚至还会增加，而membrane protein structure resolution目前公认是一个近乎“
: impossible mission”，短期内无法得到解决，所以这个计划实施起来，难度不小。。。
: 前一段时间还在大讨论好像，就是关于这种投资巨大成果又共享的基础领域的投资中国是
: 否应该跟进，好像结果还是要跟进了，偶个人是有保留意见的，呵呵
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日20:27:34 星期二), 站内信件
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完全反对你的意见。
结构的解析对于功能的研究意义很大。只不过现在从结构到功能的方法正在完善之中。
。。。。
从结构得到的功能信息远远大于直接从序列上得到的信息。
基于结构的药物设计的基础和核心只是一种结构基因组吧了。在这种结构基因组里，
所有的解结构都是为了药物设计。
其实，结构基因组的另外一个研究目的是完备蛋白质结构空间。就这个意义上而言
，所选的靶蛋白就不完全相同了。
这样基本上是两种不同策略的结构基因组。
原则上说，给定了蛋白质结构，大分子结构，小分子结构等等，它们之间的相互识别
关系应该就确定了。从计算上来看，就应该可以构建其相互作用的网络或者是构建它们之
间识别的复合物。
如果能够在原子水平上阐明这些识别关系，目前的方法还不够，还需要发展。我对此
报有浓厚的兴趣。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 好像在目前看来，结构的解析对于功能研究的意义似乎没有想象中的那么大，也许还是数
: 据尤其是protein－protein interaction data积累的不够吧，不过据structural
: genomics的发起人（不记得是谁了）声称，这一project将把人类疾病相关蛋白作为首要
: 目标，很容易理解，因为这是structure－based drug discovery的基础与核心。
: 但是据我所知，membrane protein几乎占了已知的drug target的 2/3强，在未来这个比
: 例甚至还会增加，而membrane protein structure resolution目前公认是一个近乎“
: impossible mission”，短期内无法得到解决，所以这个计划实施起来，难度不小。。。
: 前一段时间还在大讨论好像，就是关于这种投资巨大成果又共享的基础领域的投资中国是
: 否应该跟进，好像结果还是要跟进了，偶个人是有保留意见的，呵呵
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日20:34:19 星期二), 转信
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【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 完全反对你的意见。
: 结构的解析对于功能的研究意义很大。只不过现在从结构到功能的方法正在完善之中。
: 。。。。
: 从结构得到的功能信息远远大于直接从序列上得到的信息。
有问题，不一定。这句话，这样说是对的：从单个结构
中
得到的功能信息远远大于直接从单个序列上得到的信息。但是，现在还有谁去搞单个序列
啊？我run一个DIP的数据库，最多40个小时。可是要拿结构来跑，呵呵，简单一点，都跑
刚性的dock，这辈子你就够受了。。
。
: 基于结构的药物设计的基础和核心只是一种结构基因组吧了。在这种结构基因组里，
: 所有的解结构都是为了药物设计。
: 其实，结构基因组的另外一个研究目的是完备蛋白质结构空间。就这个意义上而言
: ，所选的靶蛋白就不完全相同了。
: 这样基本上是两种不同策略的结构基因组。
: 原则上说，给定了蛋白质结构，大分子结构，小分子结构等等，它们之间的相互识别
: ...........................
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日20:44:33 星期二), 转信
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研究的意义是有。而且也这么做了，没有什么好指责的。
只是，也不要太绝对，从单个的结构上得到的会比单个序列上得到的信息要多。但是，这
样看太孤立了。
在维特根斯坦的世界里，世界是由事实构成，而不是物质。物质之间的联系，相互作用，
也是事实。这就是为什么系统论里面讲的：1+1〉2的道理。
接下来再说，我们做bio，一是找到这个物质，gene也好，pro也好，它的性质，功能。另
一个，是找它在整个细胞的protein-protein interaction network里面做起的作用，与
其它的物质的相互作用。
数据量大的时候，structural是很困难的，因为时间。数据量小的时候，sequence的方法
又难以给出理想的结果，虽然够快。所以，两者互补，蛮好吧？
每个人都认为自己做的是对的，也认为自己选择的是正确的道路。不过，不要轻易指责别
人的路不对。只要他确确实实是在做science，而不是纯粹的瞎混，无所谓，随别人说吧
，是不是？
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 完全反对你的意见。
: 结构的解析对于功能的研究意义很大。只不过现在从结构到功能的方法正在完善之中。
: 。。。。
: 从结构得到的功能信息远远大于直接从序列上得到的信息。
: 基于结构的药物设计的基础和核心只是一种结构基因组吧了。在这种结构基因组里，
: 所有的解结构都是为了药物设计。
: 其实，结构基因组的另外一个研究目的是完备蛋白质结构空间。就这个意义上而言
: ，所选的靶蛋白就不完全相同了。
: 这样基本上是两种不同策略的结构基因组。
: 原则上说，给定了蛋白质结构，大分子结构，小分子结构等等，它们之间的相互识别
: ...........................
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日20:51:22 星期二), 转信
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我明白你的意思，也极度清楚结构的重要意义，因为偶本人也正在解一个结构呢，呵呵
其实我想说的是，在现阶段乃至在未来的一段时间内，人们可以从结构中获得的功能信息
似乎都比我们想象中的要少，的确，原则上功能信息都蕴涵在结构中了，但是现在的情况
是怎么样呢？实际是至今我们获得功能信息的最主要来源仍然是反向遗传学，同时，很
多已经解析出结构的蛋白在功能研究上仍然没有能够体现出结构的重要作用，也许这也就
是你所说的方法学上还在完善之中吧。
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 完全反对你的意见。
: 结构的解析对于功能的研究意义很大。只不过现在从结构到功能的方法正在完善之中。
: 。。。。
: 从结构得到的功能信息远远大于直接从序列上得到的信息。
: 基于结构的药物设计的基础和核心只是一种结构基因组吧了。在这种结构基因组里，
: 所有的解结构都是为了药物设计。
: 其实，结构基因组的另外一个研究目的是完备蛋白质结构空间。就这个意义上而言
: ，所选的靶蛋白就不完全相同了。
: 这样基本上是两种不同策略的结构基因组。
: 原则上说，给定了蛋白质结构，大分子结构，小分子结构等等，它们之间的相互识别
: ...........................
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日21:09:16 星期二), 转信
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你现在究竟在做啥啊？又解结构，还又做计算，弓虽阿。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 我明白你的意思，也极度清楚结构的重要意义，因为偶本人也正在解一个结构呢，呵呵
: 其实我想说的是，在现阶段乃至在未来的一段时间内，人们可以从结构中获得的功能信息
: 似乎都比我们想象中的要少，的确，原则上功能信息都蕴涵在结构中了，但是现在的情况
: 是怎么样呢？实际是至今我们获得功能信息的最主要来源仍然是反向遗传学，同时，很
: 多已经解析出结构的蛋白在功能研究上仍然没有能够体现出结构的重要作用，也许这也就
: 是你所说的方法学上还在完善之中吧。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日21:34:18 星期二), 转信
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hehe, 原则上序列包含了所有的信息。我们说结构信息重要的原因只是因为在结构的基础
上我们才能更好的理解蛋白质是如果行使功能的
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 我明白你的意思，也极度清楚结构的重要意义，因为偶本人也正在解一个结构呢，呵呵
: 其实我想说的是，在现阶段乃至在未来的一段时间内，人们可以从结构中获得的功能信息
: 似乎都比我们想象中的要少，的确，原则上功能信息都蕴涵在结构中了，但是现在的情况
: 是怎么样呢？实际是至今我们获得功能信息的最主要来源仍然是反向遗传学，同时，很
: 多已经解析出结构的蛋白在功能研究上仍然没有能够体现出结构的重要作用，也许这也就
: 是你所说的方法学上还在完善之中吧。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日21:38:40 星期二), 转信
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另外, 结构信息不仅仅指的是比如PDB中X-Ray方法那样所得到一个被抓住的静态构象,
更重要的是蛋白质运动方面的信息. 除了结构蛋白那种之外, 蛋白行使功能时自身构象
是会发生变化的, 这些才是关键
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 我明白你的意思，也极度清楚结构的重要意义，因为偶本人也正在解一个结构呢，呵呵
: 其实我想说的是，在现阶段乃至在未来的一段时间内，人们可以从结构中获得的功能信息
: 似乎都比我们想象中的要少，的确，原则上功能信息都蕴涵在结构中了，但是现在的情况
: 是怎么样呢？实际是至今我们获得功能信息的最主要来源仍然是反向遗传学，同时，很
: 多已经解析出结构的蛋白在功能研究上仍然没有能够体现出结构的重要作用，也许这也就
: 是你所说的方法学上还在完善之中吧。
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日21:45:58 星期二), 站内信件
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基本同意你的观点。但是对“至今我们获得功能信息的最主要来源仍然是反向遗
传学”不太了解。反向遗传学是一个什么咚咚？
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 我明白你的意思，也极度清楚结构的重要意义，因为偶本人也正在解一个结构呢，呵呵
: 其实我想说的是，在现阶段乃至在未来的一段时间内，人们可以从结构中获得的功能信息
: 似乎都比我们想象中的要少，的确，原则上功能信息都蕴涵在结构中了，但是现在的情况
: 是怎么样呢？实际是至今我们获得功能信息的最主要来源仍然是反向遗传学，同时，很
: 多已经解析出结构的蛋白在功能研究上仍然没有能够体现出结构的重要作用，也许这也就
: 是你所说的方法学上还在完善之中吧。
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日21:50:21 星期二), 站内信件
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haha, 不同意你的观点。得到信息量的大小并不取决于你现在的计算机能做什么。
计算机能做什么是计算量的问题。从结构得到的信息量肯定要比序列多。这应该是显然的
。
如果在人们能够从序列预测结构毫无困难时候，从序列得到的信息应该和从结构得到的
功能信息等价。而目前，人们从序列到结构还有一定距离， 因此，从结构得到的信息要
远远大于从序列得到的信息。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 有问题，不一定。这句话，这样说是对的：从单个结构
: 中
: 得到的功能信息远远大于直接从单个序列上得到的信息。但是，现在还有谁去搞单个序列
: 啊？我run一个DIP的数据库，最多40个小时。可是要拿结构来跑，呵呵，简单一点，都跑
: 刚性的dock，这辈子你就够受了。。
: 。
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日21:53:14 星期二), 站内信件
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看来是你理解错了，我没有指责他的意思。 我只是不同意他的观点而已。
另一方面，就目前的蛋白-蛋白相互作用研究而言，从序列水平的确可以预测一些蛋白-
蛋白相互作用的信息。但是，蛋白-蛋白如何作用还需要结构细节才能阐明。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 研究的意义是有。而且也这么做了，没有什么好指责的。
: 只是，也不要太绝对，从单个的结构上得到的会比单个序列上得到的信息要多。但是，这
: 样看太孤立了。
: 在维特根斯坦的世界里，世界是由事实构成，而不是物质。物质之间的联系，相互作用，
: 也是事实。这就是为什么系统论里面讲的：1+1〉2的道理。
: 接下来再说，我们做bio，一是找到这个物质，gene也好，pro也好，它的性质，功能。另
: 一个，是找它在整个细胞的protein-protein interaction network里面做起的作用，与
: 其它的物质的相互作用。
: 数据量大的时候，structural是很困难的，因为时间。数据量小的时候，sequence的方法
: 又难以给出理想的结果，虽然够快。所以，两者互补，蛮好吧？
: ...........................
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日22:18:55 星期二), 转信
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说实话，偶一直对一级结构完全决定三级结构抱有怀疑态度，就像现在人们倾向于说
phenotype是由genotype和环境共同决定的那样，我觉得在三级和一级结构之间还有别的
印象或者说“决定”因素。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: hehe, 原则上序列包含了所有的信息。我们说结构信息重要的原因只是因为在结构的基础
: 上我们才能更好的理解蛋白质是如果行使功能的
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日22:21:24 星期二), 站内信件
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40年得实验验证啊。。。
如果这个假设有问题，好多做计算得人白白探索了。。。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 说实话，偶一直对一级结构完全决定三级结构抱有怀疑态度，就像现在人们倾向于说
: phenotype是由genotype和环境共同决定的那样，我觉得在三级和一级结构之间还有别的
: 印象或者说“决定”因素。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日22:38:10 星期二), 转信
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不不不，你误会我的意思了，我不是否定这个law，呵呵
我的意思是，一级结构和三级结构的信息是不是等价的？
举个老套的例子，没有铁离子，血红蛋白是不能够折叠成有功能的结构的，在套用一下
biojs的计算，在膜电场下膜蛋白的极化和pdb数据库中不加电场的结果是有很大差异的。
还有，试验证明，在不同的条件下，蛋白质有可能折叠成不同的folding，因为能量的亚
稳定态不唯一。（忘记哪片文章了，反正总有folded和unfolded二种形式吧）。
不过这都不会影响根据这一原理进行的诸如同源建模这样的计算，我像部分的原因是上面
所说的那些影响因素在计算本身的误差范围之内吧，就像偶们可以用牛顿定理计算加速度
什么的而不去理会什么量子效应：）
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 40年得实验验证啊。。。
: 如果这个假设有问题，好多做计算得人白白探索了。。。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日22:50:03 星期二), 转信
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这些跟序列决定结构都不矛盾呀.
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 不不不，你误会我的意思了，我不是否定这个law，呵呵
: 我的意思是，一级结构和三级结构的信息是不是等价的？
: 举个老套的例子，没有铁离子，血红蛋白是不能够折叠成有功能的结构的，在套用一下
: biojs的计算，在膜电场下膜蛋白的极化和pdb数据库中不加电场的结果是有很大差异的。
: 还有，试验证明，在不同的条件下，蛋白质有可能折叠成不同的folding，因为能量的亚
: 稳定态不唯一。（忘记哪片文章了，反正总有folded和unfolded二种形式吧）。
: 不过这都不会影响根据这一原理进行的诸如同源建模这样的计算，我像部分的原因是上面
: 所说的那些影响因素在计算本身的误差范围之内吧，就像偶们可以用牛顿定理计算加速度
: 什么的而不去理会什么量子效应：）
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日22:55:06 星期二), 转信
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比如你说的有些蛋白存在亚稳态, 在不同条件下处于不同的亚微态. 但是只要蛋白序列定
了，是否存在亚稳态也就定了, 或者说亚稳态的存在不是因为环境不同或者折叠起始条件
不同而诱导出来的, 而是这个蛋白序列本身就已经决定了的性质
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 这些跟序列决定结构都不矛盾呀.
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日22:59:01 星期二), 转信
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啊？
我觉得同样的序列，不同的条件下得到不同的结构，那就和这种决定论相左了啊？
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 这些跟序列决定结构都不矛盾呀.
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月14日23:04:21 星期二), 转信
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按照我的理解, 所谓的序列决定结构跟N久以前有机化学里面对活力论的证伪一样.
序列决定结构只是说序列里面已经包含了所有的结构信息, 一个序列能够折叠成
什么结构是由其本身决定的, 而不是由其他一些机制指导它折叠成那个样子的
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 啊？
: 我觉得同样的序列，不同的条件下得到不同的结构，那就和这种决定论相左了啊？
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月15日22:44:32 星期三), 转信
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忘了re了：）
传统的遗传学手段大致可以分为“正向遗传学”（forward genetics）和“反向遗传学
”（reverse genetics）两类。正向遗传学是指，通过生物个体或细胞的基因组的自发
突变或人工诱变，寻找相关的表型或性状改变，然后从这些特定性状变化的个体或细胞
中找到对应的突变基因，并揭示其功能。例如遗传病基因的克隆。反向遗传学的原理正
好相反，人们首先是改变某个特定的基因或蛋白质，然后再去寻找有关的表型变化。例
如gene mutation/gene knockout技术或者transgenetic/gene overexpression研究、
抑或定位克隆。
简单说，正向遗传学是从表型变化研究基因变化，反向遗传学则是从基因变化研究表型
变化。
human genome project就是反向遗传学的标志性产物。
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 基本同意你的观点。但是对“至今我们获得功能信息的最主要来源仍然是反向遗
: 传学”不太了解。反向遗传学是一个什么咚咚？
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作者 biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月15日23:34:57 星期三), 转信
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【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 有问题，不一定。这句话，这样说是对的：从单个结构
: 中
: 得到的功能信息远远大于直接从单个序列上得到的信息。但是，现在还有谁去搞单个序列
: 啊？我run一个DIP的数据库，最多40个小时。可是要拿结构来跑，呵呵，简单一点，都跑
好象还是有很多的人在搞单个的序列哦，至少现在大多数的生物实验室。单个序列的取得
可能是由high throughput的实验结果，但是研究的时候就针对具体（单一）的序列咯
: 刚性的dock，这辈子你就够受了。。
: 。
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月16日00:27:10 星期四), 转信
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这个就不是bioinfo目前的范畴。我只见过2000年前后，靠一个蛋白，在bioinformatics
上灌水的例子。不过那个现象也实在有意思。一个植物的蛋白，有一个functional
domain，一部分是kinesin的，另一部分是myosin的，这在动物里，酵母里都没有。文章
做了序列分析，随便做做进化拉倒。不过现在就看不到了。
【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 有问题，不一定。这句话，这样说是对的：从单个结构
: 中
: 得到的功能信息远远大于直接从单个序列上得到的信息。但是，现在还有谁去搞单个序列
: 啊？我run一个DIP的数据库，最多40个小时。可是要拿结构来跑，呵呵，简单一点，都跑
好象还是有很多的人在搞单个的序列哦，至少现在大多数的生物实验室。单个序列的取得
可能是由high throughput的实验结果，但是研究的时候就针对具体（单一）的序列咯
: 刚性的dock，这辈子你就够受了。。
: 。
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作者 biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月16日00:31:48 星期四), 转信
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有啊
plant cell今年8月的文章
mads box, bHLH domain 都是这样的
功能是预测的（绝大多数），比对是简单的，进化是粗略的，影响因子是〉10的
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 这个就不是bioinfo目前的范畴。我只见过2000年前后，靠一个蛋白，在bioinformatics
: 上灌水的例子。不过那个现象也实在有意思。一个植物的蛋白，有一个functional
: domain，一部分是kinesin的，另一部分是myosin的，这在动物里，酵母里都没有。文章
: 做了序列分析，随便做做进化拉倒。不过现在就看不到了。
: 好象还是有很多的人在搞单个的序列哦，至少现在大多数的生物实验室。单个序列的取得
: 可能是由high throughput的实验结果，但是研究的时候就针对具体（单一）的序列咯
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月16日00:38:46 星期四), 转信
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哦，plant cell原来是bioinfo方面的文章，受教了。
不过，即使这样，分析一个domain与分析一条序列有区别的。是计算为主，而是实验为主
，也最好看清楚一下。如果真向你老兄这么说的，随便做5分钟的计算就可以发这样的文
章，呵呵，岂不是太爽？
btw: 那篇bioinfo的文章是不带实验的。
【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
有啊
plant cell今年8月的文章
mads box, bHLH domain 都是这样的
功能是预测的（绝大多数），比对是简单的，进化是粗略的，影响因子是〉10的
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 这个就不是bioinfo目前的范畴。我只见过2000年前后，靠一个蛋白，在bioinformatics
: 上灌水的例子。不过那个现象也实在有意思。一个植物的蛋白，有一个functional
: domain，一部分是kinesin的，另一部分是myosin的，这在动物里，酵母里都没有。文章
: 做了序列分析，随便做做进化拉倒。不过现在就看不到了。
: 好象还是有很多的人在搞单个的序列哦，至少现在大多数的生物实验室。单个序列的取得
: 可能是由high throughput的实验结果，但是研究的时候就针对具体（单一）的序列咯
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作者 biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月16日00:49:14 星期四), 转信
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其实呢算不算bioinfo,你说了也不算
bioinfo主要是方法，在生物的各个领域都能涉及；具体plant cell能不能发与
bioinfo的文章呢，我们也不便争论；
文章呢，我仔细的读了，因为我正在坐和它类似的一个家族；到底是谁为主呢？不好说
因为一篇是，试验，分析各占一半；有一片呢，根本就没有提实验，我还是认为人家作了
。反正结果呢，基本上全是软件分析的。
时间呢，5分钟恐怕。。。（玩笑）
我是这样看这个问题的。生物信息学的方法并不高深，但是所选中的切入点不错，能够说
明问题。而且这个家族（只是有一个已知domain决定的）在整个植物体中还是比较重要的
。所以很有意义。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 哦，plant cell原来是bioinfo方面的文章，受教了。
: 不过，即使这样，分析一个domain与分析一条序列有区别的。是计算为主，而是实验为主
: ，也最好看清楚一下。如果真向你老兄这么说的，随便做5分钟的计算就可以发这样的文
: 章，呵呵，岂不是太爽？
: btw: 那篇bioinfo的文章是不带实验的。
: 有啊
: plant cell今年8月的文章
: mads box, bHLH domain 都是这样的
: 功能是预测的（绝大多数），比对是简单的，进化是粗略的，影响因子是〉10的
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月16日01:17:33 星期四), 转信
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你说的没错。不过bioinfo是不是主要是方法，如果你老兄是michial zhang,或者
kinehisa，也许我不得不承认，而不管是否是事实。
这样说的话，其实有没有生物学呢，你说了也不算。
生物学主要是研究对象，在各个科学领域都可以涉及到。根本不存在生物学嘛。
cell 的paper，很多一般都是带有bioinfo的分析的，不过一般来说，cell的文章，不算
bioinfo的。
其他的一些杂志，比如JBC的，或者MBC的，bioinfo的分析，占的比重，不算很小，不过
，视它们是bioinfo的paper,呵呵，做实验的人，恐怕不这么认为。
请注意我当时为什么说:现在还有谁去搞单个序列。看好上下文的语境。单独这句话，说
出去确实是笑话，不过联系上下文看一下。懒得解释。。。
至于时间是不是5分钟，看你要干嘛。如果只是按照我所说的，根据单个序列，推一些信
息，相对于单个结构来说，5分钟嫌多了。直接到NCBI或者Swissprot找到纪录就差不多了
。
你说的是对的，因为我没有注明：本句话应联系上下文考虑。抱歉。而且，你所说的，跟
我之前在回kinsyl的贴子的内容不是一码事。可以另行讨论。
【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
: 其实呢算不算bioinfo,你说了也不算
: bioinfo主要是方法，在生物的各个领域都能涉及；具体plant cell能不能发与
: bioinfo的文章呢，我们也不便争论；
: 文章呢，我仔细的读了，因为我正在坐和它类似的一个家族；到底是谁为主呢？不好说
: 因为一篇是，试验，分析各占一半；有一片呢，根本就没有提实验，我还是认为人家作了
: 。反正结果呢，基本上全是软件分析的。
: 时间呢，5分钟恐怕。。。（玩笑）
: 我是这样看这个问题的。生物信息学的方法并不高深，但是所选中的切入点不错，能够说
: 明问题。而且这个家族（只是有一个已知domain决定的）在整个植物体中还是比较重要的
: 。所以很有意义。
: ...........................
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作者 biomagic (sophie's), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月16日09:57:45 星期四), 转信
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看来只有做新的算法的人才算是做bioinfo的了。
bioinfo更多的来说是一种手段，采取什么样的技术应用，适合什么样
的领域，其本身就是bioinfo。至少比很多人，写了一个什么算法，列
举了一些高深的推导，复杂的模型；到实践上，出来的结果倒是被很
少的研究生物学的人认同。与其这样的纸上谈兵，倒真不如用朴实的
手段来仔细的发掘一些特定的东西。
另外，我不认为杂志只能发表‘固定’领域的文章；我的同学发的一
篇，纯粹的bioinfo的文章就是在trends in genetics（一个曾经只
发表综述的杂志）上的。
至于你说的存不存在生物学的论断，实在不敢苟同。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 你说的没错。不过bioinfo是不是主要是方法，如果你老兄是michial zhang,或者
: kinehisa，也许我不得不承认，而不管是否是事实。
: 这样说的话，其实有没有生物学呢，你说了也不算。
: 生物学主要是研究对象，在各个科学领域都可以涉及到。根本不存在生物学嘛。
: cell 的paper，很多一般都是带有bioinfo的分析的，不过一般来说，cell的文章，不算
: bioinfo的。
: 其他的一些杂志，比如JBC的，或者MBC的，bioinfo的分析，占的比重，不算很小，不过
: ，视它们是bioinfo的paper,呵呵，做实验的人，恐怕不这么认为。
: 请注意我当时为什么说:现在还有谁去搞单个序列。看好上下文的语境。单独这句话，说
: 出去确实是笑话，不过联系上下文看一下。懒得解释。。。
: ...........................
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月16日10:04:58 星期四), 转信
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口舌之争
浪费时间
【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
: 看来只有做新的算法的人才算是做bioinfo的了。
: bioinfo更多的来说是一种手段，采取什么样的技术应用，适合什么样
: 的领域，其本身就是bioinfo。至少比很多人，写了一个什么算法，列
: 举了一些高深的推导，复杂的模型；到实践上，出来的结果倒是被很
: 少的研究生物学的人认同。与其这样的纸上谈兵，倒真不如用朴实的
: 手段来仔细的发掘一些特定的东西。
: 另外，我不认为杂志只能发表‘固定’领域的文章；我的同学发的一
: 篇，纯粹的bioinfo的文章就是在trends in genetics（一个曾经只
: 发表综述的杂志）上的。
: 至于你说的存不存在生物学的论断，实在不敢苟同。
: ...........................
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作者 chevalier (游侠◎为THU哭泣), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 结构生物学前景如何？
时间 北大未名站 (2003年10月17日13:07:36 星期五), 转信
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wa trends in genetics 不错阿
哪篇？？ 拜读一下
【 在 biomagic (sophie's) 的大作中提到: 】
: 看来只有做新的算法的人才算是做bioinfo的了。
: bioinfo更多的来说是一种手段，采取什么样的技术应用，适合什么样
: 的领域，其本身就是bioinfo。至少比很多人，写了一个什么算法，列
: 举了一些高深的推导，复杂的模型；到实践上，出来的结果倒是被很
: 少的研究生物学的人认同。与其这样的纸上谈兵，倒真不如用朴实的
: 手段来仔细的发掘一些特定的东西。
: 另外，我不认为杂志只能发表‘固定’领域的文章；我的同学发的一
: 篇，纯粹的bioinfo的文章就是在trends in genetics（一个曾经只
: 发表综述的杂志）上的。
: 至于你说的存不存在生物学的论断，实在不敢苟同。
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2004/9/23 2:05:00
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