[合集]Selection for short introns in
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]Selection for short introns in
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:34:22 星期天), 站内信件
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月02日23:56:07 星期四) , 站内信件
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intron的作用，看看吧。
http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/ng/journal/v31/n4/abs/ng940.
html
Selection for short introns in highly expressed genes
Cristian I. Castillo-Davis1, Sergei L. Mekhedov2, Daniel L. Hartl1, Eugene V.
Koonin2 & Fyodor A. Kondrashov2
Transcription is a slow and expensive process: in eukaryotes, approximately 2
0 nucleotides can be transcribed per second1, 2 at the expense of at least tw
o ATP molecules per nucleotide3. Thus, at least for highly expressed genes, t
ranscription of long introns, which are particularly common in mammals, is co
stly. Using data on the expression of genes that encode proteins in Caenorhab
ditis elegans and Homo sapiens, we show that introns in highly expressed gene
s are substantially shorter than those in genes that are expressed at low lev
els. This difference is greater in humans, such that introns are, on average,
14 times shorter in highly expressed genes than in genes with low expression
, whereas in C. elegans the difference in intron length is only twofold. In c
ontrast, the density of introns in a gene does not strongly depend on the lev
el of gene expression. Thus, natural selection appears to favor short introns
in highly expressed genes to minimize the cost of transcription and other mo
lecular processes, such as splicing.
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月02日23:58:56 星期四), 转信
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嗯...
introns in highly expressed genes are substantially shorter than those in
genes that are expressed at low levels.
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: intron的作用，看看吧。
: http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/ng/journal/v31/n4/abs/ng940.
: html
: Selection for short introns in highly expressed genes
: Cristian I. Castillo-Davis1, Sergei L. Mekhedov2, Daniel L. Hartl1, Eugene V.
: Koonin2 & Fyodor A. Kondrashov2
: Transcription is a slow and expensive process: in eukaryotes, approximately 2
: 0 nucleotides can be transcribed per second1, 2 at the expense of at least tw
: o ATP molecules per nucleotide3. Thus, at least for highly expressed genes, t
: ranscription of long introns, which are particularly common in mammals, is co
: ...........................
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:32:33 星期五), 转信
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这个嘛，我早说过，应该不能算做是intron的功能吧。这也许只是选择的结果！因果关系
是不是反了？
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: 嗯...
: introns in highly expressed genes are substantially shorter than those in
: genes that are expressed at low levels.
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:34:02 星期五), 转信
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你是说...
我曾经以为intron原本是有功能的
exon变来的，经过复制，本来的功能就消失了，又经过很多年的选择，又变得有那么一些
调控的功能了。
?
那为啥复制之后功能就消失了啊?不知这里面有些什么机制...
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 这个嘛，我早说过，应该不能算做是intron的功能吧。这也许只是选择的结果！因果关系
: 是不是反了？
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:36:12 星期五), 转信
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复制之后不能正常编码的呀，当然功能就消失了啊
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: 你是说...
: 我曾经以为intron原本是有功能的
: exon变来的，经过复制，本来的功能就消失了，又经过很多年的选择，又变得有那么一些
: 调控的功能了。
: ?
: 那为啥复制之后功能就消失了啊?不知这里面有些什么机制...
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:40:44 星期五), 转信
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你的意思是编码出来的氨基酸序列不能形成有功能的蛋白质?
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 复制之后不能正常编码的呀，当然功能就消失了啊
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日00:59:58 星期五), 转信
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en，我想我这么瞎掰也没用，关键是搞清楚intron是怎么起源的，
我个人的猜想是intron在真核中的起源类似于原核中的多基因串连表达，并且由此促使生
物形成了原始的拼接系统，当这种系统形成之后，对于intron的选择压力就大大减少了，
此时在gene乃至genome的duplication过程中可能就频繁的产生“intragenic”的intron，
并有可能在转录后去除。此时intron的功能我想还是没有形成的，但是由于它还是紧密的
参与转录过程的，因此随着进化过程它必然会于参与此过程的其他组分发生互作，从而产
生一些与此相关的功能，比如形成一些motif可以同TF互作或者对splicing的过程起倒影
响，但是这些都是后起源了。
en，纯粹个人猜想，拍砖吧
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: 你的意思是编码出来的氨基酸序列不能形成有功能的蛋白质?
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:02:27 星期五), 转信
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@^@
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: en，我想我这么瞎掰也没用，关键是搞清楚intron是怎么起源的，
: 我个人的猜想是intron在真核中的起源类似于原核中的多基因串连表达，并且由此促使生
: 物形成了原始的拼接系统，当这种系统形成之后，对于intron的选择压力就大大减少了，
: 此时在gene乃至genome的duplication过程中可能就频繁的产生“innergene”的intron，
: 并有可能在转录后去除。此时intron的功能我想还是没有形成的，但是由于它还是紧密的
: 参与转录过程的，因此随着进化过程它必然会于参与此过程的其他组分发生互作，从而产
: 生一些与此相关的功能，比如形成一些motif可以同TF互作或者对splicing的过程起倒影
: 响，但是这些都是后起源了。
: en，纯粹个人猜想，拍砖吧
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:15:24 星期五), 转信
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很早的一片文献说，
在原始基因中是含有intron的
这要依据好像是古细菌。
不知道现在这个观点变了没有
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: en，我想我这么瞎掰也没用，关键是搞清楚intron是怎么起源的，
: 我个人的猜想是intron在真核中的起源类似于原核中的多基因串连表达，并且由此促使生
: 物形成了原始的拼接系统，当这种系统形成之后，对于intron的选择压力就大大减少了，
: 此时在gene乃至genome的duplication过程中可能就频繁的产生“innergene”的intron，
: 并有可能在转录后去除。此时intron的功能我想还是没有形成的，但是由于它还是紧密的
: 参与转录过程的，因此随着进化过程它必然会于参与此过程的其他组分发生互作，从而产
: 生一些与此相关的功能，比如形成一些motif可以同TF互作或者对splicing的过程起倒影
: 响，但是这些都是后起源了。
: en，纯粹个人猜想，拍砖吧
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:15:42 星期五), 转信
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最后一句话说对了，而且是很有模样的拍。呵呵，我没看懂。。。yix看看，是不是能理
解，好难哦。。。
另外，怎么证明啊？哈
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: en，我想我这么瞎掰也没用，关键是搞清楚intron是怎么起源的，
: 我个人的猜想是intron在真核中的起源类似于原核中的多基因串连表达，并且由此促使生
: 物形成了原始的拼接系统，当这种系统形成之后，对于intron的选择压力就大大减少了，
: 此时在gene乃至genome的duplication过程中可能就频繁的产生“innergene”的intron，
: 并有可能在转录后去除。此时intron的功能我想还是没有形成的，但是由于它还是紧密的
: 参与转录过程的，因此随着进化过程它必然会于参与此过程的其他组分发生互作，从而产
: 生一些与此相关的功能，比如形成一些motif可以同TF互作或者对splicing的过程起倒影
: 响，但是这些都是后起源了。
: en，纯粹个人猜想，拍砖吧
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:16:47 星期五), 转信
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有两种观点吧，intron early和intron late。但是没有定论啦。
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
很早的一片文献说，
在原始基因中是含有intron的
这要依据好像是古细菌。
不知道现在这个观点变了没有
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: en，我想我这么瞎掰也没用，关键是搞清楚intron是怎么起源的，
: 我个人的猜想是intron在真核中的起源类似于原核中的多基因串连表达，并且由此促使生
: 物形成了原始的拼接系统，当这种系统形成之后，对于intron的选择压力就大大减少了，
: 此时在gene乃至genome的duplication过程中可能就频繁的产生“innergene”的intron，
: 并有可能在转录后去除。此时intron的功能我想还是没有形成的，但是由于它还是紧密的
: 参与转录过程的，因此随着进化过程它必然会于参与此过程的其他组分发生互作，从而产
: 生一些与此相关的功能，比如形成一些motif可以同TF互作或者对splicing的过程起倒影
: 响，但是这些都是后起源了。
: en，纯粹个人猜想，拍砖吧
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:18:52 星期五), 转信
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知不知道nature上有一个专栏叫做Hypothesis？hoho
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 最后一句话说对了，而且是很有模样的拍。呵呵，我没看懂。。。yix看看，是不是能理
: 解，好难哦。。。
: 另外，怎么证明啊？哈
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:19:35 星期五), 转信
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哎，这个我还是刚刚知道，不过没想过发这样的文章，呵呵。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
知不知道nature上有一个专栏叫做Hypothesis？hoho
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 最后一句话说对了，而且是很有模样的拍。呵呵，我没看懂。。。yix看看，是不是能理
: 解，好难哦。。。
: 另外，怎么证明啊？哈
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:22:13 星期五), 转信
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这个这个，古菌不是古代细菌啊。。。它在进化上要晚于细菌的啊。
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: 很早的一片文献说，
: 在原始基因中是含有intron的
: 这要依据好像是古细菌。
: 不知道现在这个观点变了没有
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:26:10 星期五), 转信
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在进化上玩于真细菌，至少没有定论吧？
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 这个这个，古菌不是古代细菌啊。。。它在进化上要晚于细菌的啊。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:27:38 星期五), 转信
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这个没什么问题了吧，伍斯根据16s rRNA没有搞定，但是后来genome based tree还是很
有说服力的呀。
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: 在进化上玩于真细菌，至少没有定论吧？
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日01:32:03 星期五), 转信
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nod,基本是大家认同的。。。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
这个没什么问题了吧，伍斯根据16s rRNA没有搞定，但是后来genome based tree还是很
有说服力的呀。
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: 在进化上玩于真细菌，至少没有定论吧？
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日02:46:19 星期五) , 站内信件
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hehe, it's just his own idea lah, i didn't see him bring any evidence for the
claim :)
and ignored all the evidence for intron early hypothesis
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 最后一句话说对了，而且是很有模样的拍。呵呵，我没看懂。。。yix看看，是不是能理
: 解，好难哦。。。
: 另外，怎么证明啊？哈
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日03:33:48 星期五), 转信
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我是这么看的，无论是intron early hypothesis还是intron late，对于从原核到真核的
过程中都有那么一个从intronless到“intronness”的过程，这个过程中发生了什么对于
决定intron以后的功能可能是很重要的。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: hehe, it's just his own idea lah, i didn't see him bring any evidence for the
: claim :)
: and ignored all the evidence for intron early hypothesis
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日03:50:56 星期五), 转信
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你又在拍。。。。我还是没看懂。呵呵。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
我是这么看的，无论是intron early hypothesis还是intron late，对于从原核到真核的
过程中都有那么一个从intronless到“intronness”的过程，这个过程中发生了什么对于
决定intron以后的功能可能是很重要的。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: hehe, it's just his own idea lah, i didn't see him bring any evidence for the
: claim :)
: and ignored all the evidence for intron early hypothesis
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日04:43:17 星期五), 转信
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这样看就不好推测了，想想达尔文的黑匣子那本书，
这种问题就很复杂了
牵扯到系统如何进化吧
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
我是这么看的，无论是intron early hypothesis还是intron late，对于从原核到真核的
过程中都有那么一个从intronless到“intronness”的过程，这个过程中发生了什么对于
决定intron以后的功能可能是很重要的。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: hehe, it's just his own idea lah, i didn't see him bring any evidence for the
: claim :)
: and ignored all the evidence for intron early hypothesis
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日04:49:29 星期五) , 站内信件
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heihei
do you have some misunderstanding of 'intron early' and 'intron late' hypothe
sis?
'intron early' proposes that intron exists in the common ancestor of prokaryo
tes and eukaryotes, and was subsequently lost in prokaryotes lineage after th
eir divergence. so instead of an intronless -> intronness process in eukaryot
es for 'intron late' hypothesis, 'intron early' suggests an reverse 'intronne
ss -> intronless' process in prokaryotes.
there are several evidences supporting intron late hypothesis, such as the ag
reement of exon position with respect to protein 3D structure modules. Walter
Gilbert from Harvard U has a bunch of reviews on this topic. Nevertheless, t
he process of intron/exon loss/gain is a very hot topic that requires careful
analyses of evidence.
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 我是这么看的，无论是intron early hypothesis还是intron late，对于从原核到真核的
: 过程中都有那么一个从intronless到“intronness”的过程，这个过程中发生了什么对于
: 决定intron以后的功能可能是很重要的。
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日14:01:39 星期五), 转信
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老大有没有发现个问题？比较抽象，比较难证实的东西，总是有很多人喜欢。haha
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: heihei
: do you have some misunderstanding of 'intron early' and 'intron late' hypothe
: sis?
: 'intron early' proposes that intron exists in the common ancestor of prokaryo
: tes and eukaryotes, and was subsequently lost in prokaryotes lineage after th
: eir divergence. so instead of an intronless -> intronness process in eukaryot
: es for 'intron late' hypothesis, 'intron early' suggests an reverse 'intronne
: ss -> intronless' process in prokaryotes.
: there are several evidences supporting intron late hypothesis, such as the ag
: reement of exon position with respect to protein 3D structure modules. Walter
: ...........................
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日14:20:00 星期五) , 站内信件
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hehe, this is fine. but i would like more if people bring some concrete evide
nce when talking about conceptual and abstract ideas. hehe
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: 老大有没有发现个问题？比较抽象，比较难证实的东西，总是有很多人喜欢。haha
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:25:16 星期五), 转信
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的确理解错了，一开始common ancestor的意义没有考虑清楚。
但是对于intron early的几个基本证据，我不太认同，完全可以有其他的解释。记得2002
年的一篇nature已经专门论证了这个问题，我找找然后在讨论。
如果early是正确地，那么intron在原核中是什么时候又是如何loss的呢？如果说是因为
sellection for small genome size，那为什么偏偏只有细菌和古菌丢掉了，而大不了
多少的酵母却没有。另外，如果内共生学说是成立的，那么loss of intron应该发生在什
么时候呢？我觉得解释起来有问题。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: heihei
: do you have some misunderstanding of 'intron early' and 'intron late' hypothe
: sis?
: 'intron early' proposes that intron exists in the common ancestor of prokaryo
: tes and eukaryotes, and was subsequently lost in prokaryotes lineage after th
: eir divergence. so instead of an intronless -> intronness process in eukaryot
: es for 'intron late' hypothesis, 'intron early' suggests an reverse 'intronne
: ss -> intronless' process in prokaryotes.
: there are several evidences supporting intron late hypothesis, such as the ag
: reement of exon position with respect to protein 3D structure modules. Walter
: ...........................
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:35:45 星期五) , 站内信件
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actually, for yeast, the situation is almost opposite :)
very small portion of yeast gene has introns ( i remember 100-200).
the majority of yeast genes are intronless
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 的确理解错了，一开始common ancestor的意义没有考虑清楚。
: 但是对于intron early的几个基本证据，我不太认同，完全可以有其他的解释。记得2002
: 年的一篇nature已经专门论证了这个问题，我找找然后在讨论。
: 如果early是正确地，那么intron在原核中是什么时候又是如何loss的呢？如果说是因为
: sellection for small genome size，那为什么偏偏只有细菌和古菌丢掉了，而大不了
: 多少的酵母却没有。另外，如果内共生学说是成立的，那么loss of intron应该发生在什
: 么时候呢？我觉得解释起来有问题。
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:35:54 星期五), 转信
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这个，酵母是。。。长见识了。赫赫。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 的确理解错了，一开始common ancestor的意义没有考虑清楚。
: 但是对于intron early的几个基本证据，我不太认同，完全可以有其他的解释。记得2002
: 年的一篇nature已经专门论证了这个问题，我找找然后在讨论。
: 如果early是正确地，那么intron在原核中是什么时候又是如何loss的呢？如果说是因为
: sellection for small genome size，那为什么偏偏只有细菌和古菌丢掉了，而大不了
: 多少的酵母却没有。另外，如果内共生学说是成立的，那么loss of intron应该发生在什
: 么时候呢？我觉得解释起来有问题。
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:39:37 星期五) , 站内信件
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i wouldlove to see that nature paper :)
pls post a link, should be very interesting
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 的确理解错了，一开始common ancestor的意义没有考虑清楚。
: 但是对于intron early的几个基本证据，我不太认同，完全可以有其他的解释。记得2002
: 年的一篇nature已经专门论证了这个问题，我找找然后在讨论。
: 如果early是正确地，那么intron在原核中是什么时候又是如何loss的呢？如果说是因为
: sellection for small genome size，那为什么偏偏只有细菌和古菌丢掉了，而大不了
: 多少的酵母却没有。另外，如果内共生学说是成立的，那么loss of intron应该发生在什
: 么时候呢？我觉得解释起来有问题。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:44:03 星期五), 转信
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好像是这一篇，看看先
http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nature/journal/v419/n6904/
full/419270a_fs.html
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: i wouldlove to see that nature paper :)
: pls post a link, should be very interesting
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:46:57 星期五), 转信
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还有这个
http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nrg/journal/v3/n4/full/nrg
780_fs.html
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 好像是这一篇，看看先
: http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nature/journal/v419/n6904/
: full/419270a_fs.html
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:47:12 星期五) , 站内信件
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to me , intron has special benefit in evolution. intron sequence is mostly un
der neutral selection , so it can be a hotbed for accumulating new function.
and when some special events occur ( such as creation of new exon from intron
sequence), it can turn a large piece of non-coding sequence into coding sequ
ences and test its effect on organism's fitness.
but this is something needs more comparative genomics work :)
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 的确理解错了，一开始common ancestor的意义没有考虑清楚。
: 但是对于intron early的几个基本证据，我不太认同，完全可以有其他的解释。记得2002
: 年的一篇nature已经专门论证了这个问题，我找找然后在讨论。
: 如果early是正确地，那么intron在原核中是什么时候又是如何loss的呢？如果说是因为
: sellection for small genome size，那为什么偏偏只有细菌和古菌丢掉了，而大不了
: 多少的酵母却没有。另外，如果内共生学说是成立的，那么loss of intron应该发生在什
: 么时候呢？我觉得解释起来有问题。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:48:50 星期五), 转信
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这篇我下载不了，yix老大帮个忙吧：）
http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nature/journal/v369/n6481/
full/369526a0.html&filetype=PDF
这下可以对这个问题有一个相对全面的了解了，呵呵
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 还有这个
: http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nrg/journal/v3/n4/full/nrg
: 780_fs.html
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:50:49 星期五) , 站内信件
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我传这篇文献。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 好像是这一篇，看看先
: http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nature/journal/v419/n6904/
: full/419270a_fs.html
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:51:50 星期五) , 站内信件
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i saw this letter before
but it only said intron exists in very early eukaryotic genomes
and didn't address the problem of intron early or late
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 好像是这一篇，看看先
: http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nature/journal/v419/n6904/
: full/419270a_fs.html
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:54:59 星期五) , 站内信件
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相关文献上传
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 还有这个
: http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?file=/nrg/journal/v3/n4/full/nrg
: 780_fs.html
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:55:21 星期五), 转信
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I think the paper means Introns have been identified in the
“proposed” earliest branches of eukaryotic phylogeny。
so it is meaningful
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: i saw this letter before
: but it only said intron exists in very early eukaryotic genomes
: and didn't address the problem of intron early or late
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日15:57:57 星期五) , 站内信件
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yeah, i agree it's meaningful. but it's just that this finding still can not
strongly argue for early vs late debate, as pointed out by both the paper a
nd the comment
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: I think the paper means Introns have been identified in the
: “proposed” earliest branches of eukaryotic phylogeny。
: so it is meaningful
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日16:01:01 星期五), 转信
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I remember that in Bacteria they have something like self－splicing
(Group II) introns there，interesting：）
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: actually, for yeast, the situation is almost opposite :)
: very small portion of yeast gene has introns ( i remember 100-200).
: the majority of yeast genes are intronless
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日16:03:34 星期五) , 站内信件
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yeah, and it's proposed as one possible origin for spliceosomal introns.
but it's still a mess in this area
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: I remember that in Bacteria they have something like self－splicing
: (Group II) introns there，interesting：）
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作者 badgee (天篷), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日16:49:07 星期五) , 站内信件
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how to translate "spliceosomal introns" ? 3q!
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: yeah, and it's proposed as one possible origin for spliceosomal introns.
: but it's still a mess in this area
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: Selection for short introns in highly expre
时间 北大未名站 (2003年10月03日18:52:23 星期五), 转信
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exon created from intron。。。interesting。。。在高等生物中有这样的例子吗？查
了几个好像都是from noncoding repeat sequence。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: to me , intron has special benefit in evolution. intron sequence is mostly un
: der neutral selection , so it can be a hotbed for accumulating new function.
: and when some special events occur ( such as creation of new exon from intron
: sequence), it can turn a large piece of non-coding sequence into coding sequ
: ences and test its effect on organism's fitness.
: but this is something needs more comparative genomics work :)
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2004/9/23 2:05:00
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