[合集]我做的一个软件, 大家提提看法
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]我做的一个软件, 大家提提看法
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日19:57:32 星期天), 站内信件
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作者 Cray (克雷), 信区: Bioinformatics
标题 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月11日23:53:08 星期三), 转信
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http://www.bioinfo.org.cn/cgi-bin/slang.cgi
功能和blastp差不多.
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作者 lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月12日00:03:01 星期四), 转信
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据称速度快了十倍，果真么？
另外，用这个软件，怎么citation啊？
如果结果的质量不比blast/fasta差多少，以后用这个节省很多时间了。
n...年之前李明说要release一个ph的protein程序，不过一直都没看见。
【 在 Cray (克雷) 的大作中提到: 】
http://www.bioinfo.org.cn/cgi-bin/slang.cgi
功能和blastp差不多.
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作者 lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月12日00:10:44 星期四), 转信
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有几个看法：
1. 怎么parse结果？如果结果没有module parse的话，只能给大家玩玩用用。parse的
perl pm是不是来一个？
2. 不像blast的结果，开始有个比对结果的index，简要摘要，可以看大概有多少条结果
序列。这个要手动看完全部的文件，才知道结果是多少。
3. 数据库怎么格式化？要用肯定是local形式的用。数据库是什么格式？
速度果然很快。比较爽。support！！！
【 在 Cray (克雷) 的大作中提到: 】
http://www.bioinfo.org.cn/cgi-bin/slang.cgi
功能和blastp差不多.
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作者 lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月12日00:18:55 星期四), 转信
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这个Graph真是多余！p:实话实说。
因为Blast毕竟是老牌的产品，不专门做计算的人，一般还是会用blast，就像一般大家选
择ClustalW/X,而不是多用POA一样。速度快，对做large-scale计算的人来说，会很心动
。但是对于其他人，做一两个比对，无所谓速度的，比较难打动他们。
做个graph有啥意思？新意？我还真不信谁用blast做了序列比对，然后用dotter画个
grpha出来。最好就是，本地装好，写个batch file然后开run,把结果parse，就摆平了。
既然主要优势是速度，当然要和飙车人的口味才好。
随便说说而已。
【 在 Cray (克雷) 的大作中提到: 】
http://www.bioinfo.org.cn/cgi-bin/slang.cgi
功能和blastp差不多.
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作者 Cray (克雷), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月12日00:54:57 星期四), 转信
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提问题用了好几篇文章, 我一次回答好了. 问题1-6,网页上的FAQ和安装文档有更详细
的解释.
1. 速度测量问题: 可以下载后在本机运行测速, 现在提供windows和linux两种平台下的
binary.
2. 在本机运行的程序可以用文本方式批处理输出结果的, 写一个perl parser应该不超过
10分钟就能写好.
3. 文本输出格式模仿的是fasta, 可以指定输出前n条最相关序列.
4. 格式化程序也提供下载, 将fasta格式的序列数据库格式化成索引库.
5. dot-matrix的功能属于bonus, 用java写的, 在浏览器端执行, 不爱用的话忽略它就是
了.
6. 结果质量比blastp差10%左右, 主要是30% identity以下的同源关系没有blast找得准
, 目前identity在15%以下所有的一维序列alignment程序都准不了, 得用结构对比程序.
程序里面应该还有提升查准度并且不损失速度的余地, 我已经很久没调参数了.
7. citation问题很难解决, 要不你就含糊一点不提算了 :)
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 有几个看法：
: 1. 怎么parse结果？如果结果没有module parse的话，只能给大家玩玩用用。parse的
: perl pm是不是来一个？
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作者 kingsyl (做人要猴——欧道(《手机》妙语 )), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月12日10:10:30 星期四), 站内信件
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第7个问题可不能含糊。
【 在 Cray (克雷) 的大作中提到: 】
: 提问题用了好几篇文章, 我一次回答好了. 问题1-6,网页上的FAQ和安装文档有更详细
: 的解释.
: 1. 速度测量问题: 可以下载后在本机运行测速, 现在提供windows和linux两种平台下的
: binary.
: 2. 在本机运行的程序可以用文本方式批处理输出结果的, 写一个perl parser应该不超过
: 10分钟就能写好.
: 3. 文本输出格式模仿的是fasta, 可以指定输出前n条最相关序列.
: 4. 格式化程序也提供下载, 将fasta格式的序列数据库格式化成索引库.
: 5. dot-matrix的功能属于bonus, 用java写的, 在浏览器端执行, 不爱用的话忽略它就是
: 了.
: ...........................
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作者 boen (寂寞的研究僧活), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月12日11:05:24 星期四), 转信
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最大的问题是已经有 blast了，用你的有什么吸引力？
【 在 kingsyl (做人要猴——欧道(《手机》妙语 )) 的大作中提到: 】
: 第7个问题可不能含糊。
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作者 lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月12日12:48:23 星期四), 转信
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ft!!!! 第七个问题我也想不提。不过我要是含糊了，我那你的“色狼”做的东西，谁敢
相信？这在我看是最大的问题。、
“在本机运行的程序可以用文本方式批处理输出结果的”，怎么搞？看不出来。
格式化程序在什么地方？软件包附带？
【 在 Cray (克雷) 的大作中提到: 】
: 提问题用了好几篇文章, 我一次回答好了. 问题1-6,网页上的FAQ和安装文档有更详细
: 的解释.
: 1. 速度测量问题: 可以下载后在本机运行测速, 现在提供windows和linux两种平台下的
: binary.
: 2. 在本机运行的程序可以用文本方式批处理输出结果的, 写一个perl parser应该不超过
: 10分钟就能写好.
: 3. 文本输出格式模仿的是fasta, 可以指定输出前n条最相关序列.
: 4. 格式化程序也提供下载, 将fasta格式的序列数据库格式化成索引库.
: 5. dot-matrix的功能属于bonus, 用java写的, 在浏览器端执行, 不爱用的话忽略它就是
: 了.
: ...........................
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作者 lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月12日12:50:02 星期四), 转信
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速度！呵呵，适合飙车族。就是车的型号，产地(citation)一定要搞清楚。
【 在 boen (寂寞的研究僧活) 的大作中提到: 】
最大的问题是已经有 blast了，用你的有什么吸引力？
【 在 kingsyl (做人要猴——欧道(《手机》妙语 )) 的大作中提到: 】
: 第7个问题可不能含糊。
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作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月12日15:33:58 星期四), 转信
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我觉得可以先用这个东东得到一个大概的结果，对数据有一些初步的印象。
但是最后可能还使用blast，毕竟阐述结果的时候不会再比对方面受到什么指责。
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 速度！呵呵，适合飙车族。就是车的型号，产地(citation)一定要搞清楚。
: 最大的问题是已经有 blast了，用你的有什么吸引力？
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作者 lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月13日00:24:28 星期五), 转信
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ft!不妥。没听说过用POA做完之后再拿ClustalW做一遍的。要是这样的话，我为啥要多此
一举？
还是给个citation的好。
【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
我觉得可以先用这个东东得到一个大概的结果，对数据有一些初步的印象。
但是最后可能还使用blast，毕竟阐述结果的时候不会再比对方面受到什么指责。
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: 速度！呵呵，适合飙车族。就是车的型号，产地(citation)一定要搞清楚。
: 最大的问题是已经有 blast了，用你的有什么吸引力？
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月13日02:07:10 星期五) , 站内信件
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if you think this work is good, why not submit a paper to somewhere? then you
have the citation le.
【 在 Cray (克雷) 的大作中提到: 】
: 提问题用了好几篇文章, 我一次回答好了. 问题1-6,网页上的FAQ和安装文档有更详细
: 的解释.
: 1. 速度测量问题: 可以下载后在本机运行测速, 现在提供windows和linux两种平台下的
: binary.
: 2. 在本机运行的程序可以用文本方式批处理输出结果的, 写一个perl parser应该不超过
: 10分钟就能写好.
: 4. 格式化程序也提供下载, 将fasta格式的序列数据库格式化成索引库.
: 5. dot-matrix的功能属于bonus, 用java写的, 在浏览器端执行, 不爱用的话忽略它就是
: 了.
: 6. 结果质量比blastp差10%左右, 主要是30% identity以下的同源关系没有blast找得准
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作者 lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月13日02:13:49 星期五), 转信
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对啊，对啊，莫非缺了什么数据？还是Michial Zhang嫉妒了？很nice的工作啊。
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
if you think this work is good, why not submit a paper to somewhere? then you
have the citation le.
【 在 Cray (克雷) 的大作中提到: 】
: 提问题用了好几篇文章, 我一次回答好了. 问题1-6,网页上的FAQ和安装文档有更详细
: 的解释.
: 1. 速度测量问题: 可以下载后在本机运行测速, 现在提供windows和linux两种平台下的
: binary.
: 2. 在本机运行的程序可以用文本方式批处理输出结果的, 写一个perl parser应该不超过
: 10分钟就能写好.
: 4. 格式化程序也提供下载, 将fasta格式的序列数据库格式化成索引库.
: 5. dot-matrix的功能属于bonus, 用java写的, 在浏览器端执行, 不爱用的话忽略它就是
: 了.
: 6. 结果质量比blastp差10%左右, 主要是30% identity以下的同源关系没有blast找得准
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月13日10:35:40 星期五) , 站内信件
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cite the website is ok
【 在 Cray (克雷) 的大作中提到: 】
: 提问题用了好几篇文章, 我一次回答好了. 问题1-6,网页上的FAQ和安装文档有更详细
: 的解释.
: 1. 速度测量问题: 可以下载后在本机运行测速, 现在提供windows和linux两种平台下的
: binary.
: 2. 在本机运行的程序可以用文本方式批处理输出结果的, 写一个perl parser应该不超过
: 10分钟就能写好.
: 4. 格式化程序也提供下载, 将fasta格式的序列数据库格式化成索引库.
: 5. dot-matrix的功能属于bonus, 用java写的, 在浏览器端执行, 不爱用的话忽略它就是
: 了.
: 6. 结果质量比blastp差10%左右, 主要是30% identity以下的同源关系没有blast找得准
: ...........................
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作者 Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 我做的一个软件, 大家提提看法
时间 北大未名站 (2004年02月14日09:56:02 星期六), 转信
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嗬嗬，你误解我的意思了。
象POA毕竟有正式的publication，如果根据POA得到某些结果
然后进行分析的话，审稿人是不会在POA部分提出意见的。
可是这个软件就不一样了。算法的结果和可靠性并不一定得到别人的认可。
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: ft!不妥。没听说过用POA做完之后再拿ClustalW做一遍的。要是这样的话，我为啥要多此
: 一举？
: 还是给个citation的好。
: 我觉得可以先用这个东东得到一个大概的结果，对数据有一些初步的印象。
: 但是最后可能还使用blast，毕竟阐述结果的时候不会再比对方面受到什么指责。
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2004/9/23 2:05:00
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